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获取应用模板,模板为yaml格式。 --downloadPath -d 否 获取应用详情时,将内容下载到的指定文件夹路径(文件夹需要存在)。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 --label -l 否 根据label标签搜索应用。 命令示例 本节以Wind
加速效率:IO加速>本地盘加速>无 无:作业运行于OBS中,不使用加速。 IO加速:IO加速使用弹性文件服务(SFS)提供高性能的数据读写,作业运行时,会将非最终结果的数据存储在SFS中用以提高任务运行效率,作业执行完成后会清理释放SFS空间。对于涉及频繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。
a/目录进行归档,a/目录下最深一级的文件 a/xxxx/xxx./.../obj的总长度不能超过987。 执行归档操作时,若包含禁止删除的文件或文件夹,并打开了删除原数据开关,则被设置为禁止删除的文件或文件夹会删除失败,其他文件或文件夹删除正常。 使用obsutil上传数据,必须加full
参数 是否必选 参数类型 描述 file 是 File 文件流对象 target_folder 否 String 目标文件夹 最小长度:0 最大长度:2000 part_number 否 String 分段序号,表示第几个文件片段 缺省值:1 最小长度:1 最大长度:4 total_part
src-dir 无 是 源路径,支持四种格式,分别是医疗项目、外部桶、外部并行文件系统或者网络数据下载链接,对应格式分别为ProjectName:/path、OBS:BucketName:/path、OBSFS:ObsfsName:/path、下载url。 须知: 源路径中如果要填写多个路
购买服务 前提条件 注册华为账号并开通华为云,并进行账号实名认证。购买服务时,账号不能处于欠费或冻结状态。 购买服务时,需使用华为主账号购买。如果不确定账号类型,可登录账号中心查看所属账号是主账号还是子账号(IAM账号)。 在账号中心左侧导航栏中有“我的主账号”页签,则说明是子账
购买服务 前提条件 注册华为账号并开通华为云,并进行账号实名认证。购买服务时,账号不能处于欠费或冻结状态。 购买服务时,需使用华为主账号购买。如果不确定账号类型,可登录账号中心查看所属账号是主账号还是子账号(IAM账号)。 在账号中心左侧导航栏中有“我的主账号”页签,则说明是子账
应用配置文件说明 EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台,创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中,该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建
开通服务 本章节分别介绍开通医疗智能体平台API、开通药物设计和临床研究API的相关操作。 开通医疗智能体平台API 进入EIHealth控制台,购买医疗智能体平台成功后,医疗智能体平台API自动开通成功。 开通AI辅助药物设计和临床研究API 进入EIHealth控制台,在页面左上角切换区域“华东-上海一”。
String 作业结果存储目录,不指定则在workflow的工作目录下生产job同名子目录,指定则以指定路径为准;输出路径必须以斜杠(/)开头且不能以斜杠(/)结尾,不能包含两个以上相邻的斜杠(/),不能包含以下特殊字符:\ : ; * ? < " > | 。其中单个文件夹名称不能以中划线(-)开头,不能以英文句号(
删除配体文件预览任务 功能介绍 删除配体文件预览任务。 URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/preview/{task_id} 表1 路径参数
String 文件夹名称 最小长度:1 最大长度:2000 parent_folder 否 String 所在文件夹 最小长度:0 最大长度:2000 响应参数 状态码: 201 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 id String 创建文件夹返回体 请求示例 创建文件夹,文
数组长度:0 - 1000 has_more Boolean 文件中是否还有更多配体没有处理;即当前数量是否表示整个文件的配体数量,若该值为false则表该配体文件含有count数量个配体;若该值为true则表示该配体文件含有大于count数量个配体(即count不完全统计);例如
String 内存物理规格描述信息 netcard_detail String 网卡物理规格描述信息 cpu_arch String 裸金属服务器的CPU架构类型 gpu_info String GPU信息 请求示例 查询计算资源规格 /v1/{project_id}/system/
本案例介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能复现上述研究成果(https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00821),并搭建虚拟药物筛选数据库。 图1 药物筛选之旅 父主题: 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选
private url 是 String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 eihealth_project_id 否 String 数据库文件所在项目id,仅文件为数据中心时填写。 最小长度:1 最大长度:128 响应参数
创建配体文件预览任务 功能介绍 创建配体文件预览任务,支持SMI、SDF、PDB、MOL2。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/preview 表1
清理本地记录的上传文件 上传对象时,支持断点续传功能,本地因此可能会残留上传异常产生的文件,可以使用该命令对异常文件进行清理。 命令结构 health clear [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 upload -u 是 上传文件时,本地生成的断点目录。
数据管理简介 EIHealth平台使用对象存储服务(OBS)存储原始数据、流程执行中间数据和执行结果数据。数据按项目维度进行隔离和划分,从项目角度进行数据的管理,不同项目的数据可以通过“导入数据”实现跨项目使用。您可以在“项目管理”页面,“数据”页签中,完成数据的添加、导入、归档、复制、删除等操作。
支持消息、邮件、安全、商标设置。 支持通过命令行工具对平台进行管理和使用,支持Windows、Linux系统。 开放API 优化 优化流程的搭建和运行过程。 商用 用户指南 命令行工具 API参考 2020年11月 序号 功能名称 功能描述 阶段 相关文档 1 平台界面风格更新,新