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创建FastQC应用样例 本章节提供了在EIHealth平台创建FastQC应用的样例，帮助您快速熟悉平台的使用方法。 FastQC是一款高通量序列数据的质量检测工具，此样例基于开源的FastQC软件，将软件制作成镜像，上传至平台，并基于此镜像创建应用。应用创建完成后可以直接使用
镜像管理简介 运行生物信息学软件，往往由于不同的操作系统（Windows、Linux、Mac等）原因，无法实现统一的运维管理。同时，这些软件具有不同的版本和软件包，安装、使用过程复杂。将生物信息学软件封装成Docker镜像，可以使程序在不同的环境中运行，并通过EIHealth平台的镜像管
下载单条数据，单击数据操作列的“下载”即可。 图5 查看输出结果（2） 单击可以按照属性以及相互作用力进行高级筛选。 图6 高级筛选 单击“查看3D”可以看到小分子和靶点的对接构象。 图7 查看3D 单击配体对比，可以计算对接后的构象与输入小分子的RMSD值和输入小分子和靶点的相互作用2D图。
导入应用”的方法，导入至自己的项目中使用。 流程 EIHealth中的分析流程包含分析过程中所需应用的执行信息和数据的输入、输出等参数定义。 分析流程至少由一个应用组成，在多个应用构成的流程中，一个应用的输出作为另一个应用的输入，流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流。
EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 在EIHealth平台，创建应用的过程通过图形化的界面操作完成。在命令行工具中，该过程以配置文件的形式给出。您可以基于获取到的模板使用命令行工具创建应用，创建好的应用将同步显示到EIHealth平台。
程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据，如果需要批量执行NGS分析，可以选取以下任意一种方式进行批量执行： 方式一：对于输入参数，打开“并发”开关，在启动作业时，每个参数可以设置多个参数值，自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。
again！”时，请单击Notebook工具栏中的按钮，重启Notebook环境，并重新执行出现告警的代码。 您可以在Notebook工作目录中上传数据，使用AutoGenome工具。数据上传下载请参见数据的上传和下载。 对于非挂载目录以外的目录下的文件，重启Notebook后会消失。例如
--domain-name -d 是 与管理员（购买平台的账户）的账号名一致。 --user-name -u 是 子用户的用户名。 管理员（购买平台的账户）登录时，user-name和domain-name一致。 --password -w 是 密码。 --ak -a 是 AK(Access Key
小分子”，查看已收藏的结果。 单击“查看"按钮，可以查看相应的结果信息 单击“下游分析”按钮，可以选择对相应结果进行下游任务的配置。 单击“下载”按钮可以下载相应结果。 图3 收藏结果展示 当需要取消分子收藏时，单击已收藏的结果右侧的按钮，弹出取消收藏窗口，单击“确认”，取消对该分子的收藏。 图4
流程名称：选择已创建的流程，如果还未创建，可参考新建流程进行创建。 优先级：设置作业优先级。在资源充足的情况，高优先级先于低优先级。在满足条件的资源规格情况下，高优先级的先于低优先级投递。如果资源不满足，则优先处理资源满足的作业。例如，资源有2u2g，低优先级的需要1.8u1.8g，高优先级的需要2
USER 为容器的运行及RUN、CMD、ENTRYPOINT等指令的运行指定用户或UID。 ONBUILD 触发器指令。构建镜像时，Docker的镜像构建器会将所有的ONBUILD指令指定的命令保存到镜像的元数据中，这些命令在当前镜像的构建过程中并不会执行。只有新的镜像使用FROM
引用外部桶时，需要确保所引用的数据不超过45层级的目录。 配置完成后，单击“提交”。 提交成功后，可以在“作业中心”查看执行结果。 查看运行结果。 可以单击“下载”，下载分子属性预测结果信息。单击“操作”列的“查看”，查看分子信息。分子属性预测对应的下游分析为分子优化和合成路径，通过单击“下游分析”可以进行创建。
初学者能够基于页面可视化的完成数据管理、复现业内的分析流程和算法。资深从业者能够基于镜像打造自己的分析流程。 快速入门 关键概念 使用流程 初始化数据盘 什么是ECS 创建容器应用基本流程 05 实践 基于EIHealth平台，搭建NGS流程，流程以fastq格式数据作为输入，对碱基的质量信息进
4.1.9.0 . 详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考。 上传镜像 请依据表1提供的镜像下载命令下载搭建NGS流程所需的镜像。并依据制作bwa-mem镜像和制作gatk-haplotypecaller镜像制作镜像。制作好后的镜像如图1所示，请按照以下步骤将镜像上传至EIHealth平台。
目成员具备相应的权限，不同类型成员所拥有的权限请参见成员角色和权限。 冻结：冻结项目。一个项目可能由于某些原因暂时中止，此时可以将项目暂时冻结，待下次重新启动时再激活。处于“冻结”状态的项目，用户无法进入该项目查看项目的开发环境、流程等历史运行情况，当前正在运行的分析作业会继续执
计算资源说明 每个作业的运行依托的是后面的计算资源，所以需要管理员账号（主账号）提前购买计算资源。 若平台无计算资源，则投递的作业会出现等待情况，直至购买了计算资源或者任务超时才会停止。 单击平台右上角的账号名称，会出现账号的相关操作，包括系统资源，系统配置等。注意这里只有管理员
hon运行文件编写。 3 工具栏 工具栏罗列了支持的常用快捷操作，从左到右分别为：保存文件、添加新Cell、剪切选中的Cell、复制选中的Cell、粘贴选中的Cell、将选中Cell上移、将选中Cell下移、运行选中的Cell、终止kernel、重启kernel、重启kernel并重新运行所有Cell。
--cpd -C 否 生成断点记录文件的文件夹，默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_checkpoint。 每个分段复制任务会产生唯一对应的断点记录文件并保存至该文件夹的copy子文件夹下，分段任务执行成功后，对应的断点记录文件会被自动删除；分段任务执行失败或
选择已创建成功的流程，单击操作列的“编辑”，进入流程编辑页面。除了流程名称不能更改，您可以修改已有流程的其他参数配置项。 删除 通过单击操作列“删除”，可删除对应的流程。 下载流程文件 单击流程名称，进入流程详情页面，单击流程文件后的“下载”，可下载该流程文件。 下载流程参数 单击
时间步长：MD模拟的时间步长，范围支持0<时间步长≤5fs，默认是2fs。 温度：MD模拟的温度，范围支持0<温度≤1000K，默认是300K。 配置MD的计算步骤 Energy Minimization：能量最小化的步数，范围支持0<步数≤50000，默认是10000步。 NV
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