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object task资源信息 resource_usage NextflowTaskResourceUsage object task资源使用信息 表4 NextflowTaskExecutionTime 参数 参数类型 描述 submit String 提交时间 start String
1核为100m,单位为"C" 最小值:1 最大值:128 缺省值:1 gpu Float notebook占用的gpu,0.1为使用单卡10%,1为占满单个显卡,1+为使用多个显卡 最小值:0 最大值:16 缺省值:0 memory Float notebook占用的内存,单位为"G" 最小值:2
存储资源列表 表4 StorageResourceRsp 参数 参数类型 描述 spec SpecDto object 规格信息 size Long 使用量 charge_mode String 计费模式 create_time String 购买时间 status String 状态 表5
CreateLigandSimilarityGraphLigandDto 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 配体分子唯一名字,受体中的建议使用"{氨基酸}:{链}:{编号}"。 最小长度:1 最大长度:32 smiles 是 String 分子SMILES表达式。 最小长度:1 最大长度:512
添加流程文件 添加完成后,单击“下一步”,配置流程参数。 添加参数方式支持两种,一种为单击进行添加,一种为单击进行添加。如果参数比较多,建议使用“上传参数”方式。 上传参数方式:支持json或yaml格式,文件大小不能超过10M。模板可以通过单击进行下载。如果上传参数有重名的参数,则只取最后一个参数的值。
创建聚类分析作业 功能介绍 创建聚类分析作业。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/clustering 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
多个子结构之间的逻辑关系 缺省值:or 枚举值: or and 表9 BindingSite 参数 参数类型 描述 protein String 蛋白质3D结构,使用gzip压缩然后转base64格式 最小长度:1 最大长度:10000000 bounding_box BoundingBox object
探针半径:控制产生的离散点到表面原子的距离。默认值为1.4 ,输入范围: 1.4-5,单位:Å。 名称:可修改,修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符;仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格;首位只能以数字或字母开头。 标签:设置任务标签。 功能调用消耗:运行一次功能会消耗一次。 单击“提交”。
workflow_file_url String 流程的文件名下载地址 main_file String 主文件名 params_file String 用户上传时使用的参数文件名 params Array of NextflowParamsDto objects 流程参数列表 create_time String
CPU架构依赖于制作镜像过程中选择的系统类型,以及制作镜像时所需的生物信息学软件支持在X86还是ARM上运行。例如,GATK是基于X86指令集开发的生信软件,使用CentOS的X86系统创建GATK镜像,则在创建应用时选择“X86”。 CPU需求:请按实际需求填写,取值范围为“0.1-128”,单位C,支持一位小数,不填默认1C。
缺省值:or 枚举值: or and 表6 BindingSite 参数 是否必选 参数类型 描述 protein 否 String 蛋白质3D结构,使用gzip压缩然后转base64格式 最小长度:1 最大长度:10000000 bounding_box 否 表7 object 结合口袋,包含口袋中心位置和尺寸大小
缺省值:or 枚举值: or and 表6 BindingSite 参数 是否必选 参数类型 描述 protein 否 String 蛋白质3D结构,使用gzip压缩然后转base64格式 最小长度:1 最大长度:10000000 bounding_box 否 BoundingBox object
缺省值:or 枚举值: or and 表10 BindingSite 参数 参数类型 描述 protein String 蛋白质3D结构,使用gzip压缩然后转base64格式 最小长度:1 最大长度:10000000 bounding_box BoundingBox object
检查输入文件的路径单级名称长度是否超过255个字符。若单级名称长度未超过255个字符请联系技术支持。 解决方案 单级目录名称长度超过255个字符。 不使用SFS或者EVS加速。 若必须进行IO加速,则更改输入文件的路径为单级目录名称不超过255字符的路径。 若单级名称长度未超过255个字符请联系技术支持。
可参考AI模型。此参数只有专业版支持。一次最多可以选10个模型属性。 名称:可修改,修改后左上角也同步修改。长度为5~64个字符;仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格;首位只能以数字或字母开头。 标签:设置任务标签。 功能调用消耗:运行成功后功能会消耗一次。 单击“提交”。
查询配体文件预览任务 功能介绍 查询配体文件预览任务。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/preview/{task_id} 表1 路径参数 参数
创建应用 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 应用”页签,单击“新建应用”。 图1 新建应用 依据“应用参数说明表”依次创建搭建NGS流程所需的应用。 图2 填充应用内容 对于测序得到的大量数据,如果需要批量执行NGS分析,可以选取以下任意一种方式进行批量执行: 方式一