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Nextflow 简介 安装/卸载Nextflow 新建流程 管理流程 新建作业 管理作业 约束限制 作业执行失败排查思路 父主题: 用户指南(基因平台)
受体信息解析 功能介绍 受体信息解析,如果有多个受体蛋白则只处理第一个,如果一个受体蛋白里结合了多个配体,则最多只处理前10个。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/receptor/info
流程设计器界面由工具栏、资源栏和画布三部分构成。 图1 流程设计器界面 表1 界面说明 区域 说明 工具栏 上方的工具栏显示设计器的快捷控制操作。 由设置、新建作业、保存、另存为、删除、自动保存构成。 资源栏 左侧的资源栏显示项目中可以使用的应用和流程。 画布 中间区域为搭建流程的操作界面。
数据库管理 数据库简介 创建数据库模板 导入数据库模板 创建数据库 引用数据库 管理数据库 父主题: 用户指南(基因平台)
项目管理 项目简介 创建项目 项目成员和权限 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
数据管理 数据管理简介 添加数据 数据管理常用操作 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
磁盘是否加密 响应参数 无 请求示例 创建数据库资源,选择规格,设置磁盘大小为0,设置磁盘加密 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/system/database-resources { "spec_code"
准备工作 购买服务 购买存储套餐包 购买系统资源 获取认证信息 父主题: 用户指南(基因平台)
项目管理 项目简介 创建项目 项目成员和权限 项目管理常用操作 父主题: 用户指南(基因平台)
数据管理 数据管理简介 添加数据 发布数据 数据管理常用操作 归档数据 数据控制与数据审计 命令行工具概述 父主题: 用户指南(基因平台)
同,可参考。 设置供应商名称 health edit vendor-config --name xxx1 --log /root/demo/logo.png # 执行成功返回结果如下 set vendor name to xxx1 successfully! 设置供应商图标 health
为防止资源滥用,平台限定了各服务资源的配额,对用户的资源数量和容量做了限制。 如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以申请扩大配额。 EIHealth平台应用的基础设施如下: 统一身份认证(IAM) 容器镜像服务(SWR) 对象存储服务(OBS) 关于如何查看配额,如何申请扩大配额,请参见“《用户指南》 配额管理”章节。
单击流程名称,进入流程详情页面,单击流程文件后的“下载”,可下载该流程文件。 下载流程参数 单击流程名称,进入流程详情页面,单击流程参数后的“下载”,可下载该流程设置的参数文件。 图1 下载流程文件/参数 父主题: Nextflow
自定义数据库常见问题 如果子用户看不到“CSS资源列表”,需要授权子用户CSS权限。 如果在创建和追加数据库的过程,显示资源不足,需要扩容CSS集群。 若CSS集群显示“不可绑定”。 检查购买的CSS资源状态是不是正常的。 检查购买的CSS资源是不是绑定了公网IP。 已绑定的集群修改了密码或者公网IP。
大规模药物虚拟筛选 “神农项目”简介 药物虚拟筛选 父主题: 用户指南(基因平台)
作业管理 作业管理简介 创建作业 管理作业 查看执行结果 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
点标签是否一致,都会被调度到应用的节点标签所对应的计算节点上。 如果设置了不存在的计算节点标签,作业会进入等待,直至配置了相应的标签。 超时时间:作业运行时间超过设置时间时,认为超时,默认1440分钟,最大可设置为144000分钟,即作业运行至多100天。 加速类型: 加速效率:IO加速>本地盘加速>无
输出小分子表征:是否输出小分子表征文件,小分子表征文件可以用作训练模型使用,默认是不输出。 作业名称:设置作业名称。长度为5~64个字符,仅可以使用字母、数字、下划线“_”、中划线“-”和空格,首位只能以数字或字母开头。 标签:设置任务标签。 功能调用消耗:20000个小分子记一次功能调用。 引用外部桶时,
# 执行成功返回结果如下 set the retention of completed-jobs successfully! 父主题: 系统设置命令
task-4-qvina-w:分子对接。 task-5-docking summary:汇总分子对接结果。 图3 数据路径和流程图 图4 设置数据库 设置完成后,单击“提交”,执行药物虚拟筛选任务。 对于“运行中”的任务,单击图标,允许取消、强制停止或删除。 对于“已取消”、“运行失败