安装和使用IB驱动自带的Open MPI 操作场景 本节操作指导用户在BMS上安装和使用IB驱动自带的Open MPI(以版本4.0.2a1为例)。 对于集群中的每台BMS,都需要执行该操作。 前提条件 已配置BMS集群间互相免密登录。 操作步骤 查询是否安装了IB驱动 执行以下命令,查询是否已成功安装IB驱动。
安装和使用MPI 弹性云服务器场景支持使用的MPI IB驱动自带的OpenMPI 社区OpenMPI Spectrum MPI Intel MPI Platform MPI 父主题: 弹性云服务器场景典型应用
安装和使用IB驱动自带的Open MPI 操作场景 本节指导用户在BMS上安装和使用IB驱动自带的Open MPI(以版本3.1.0rc2为例)。 对于集群中的每台BMS,都需要执行该操作。 前提条件 已配置BMS集群间互相免密登录。 操作步骤 查询是否安装了IB驱动。 执行以下命令,查询是否已成功安装IB驱动。
第十次正式发布 新增基于STAR-CCM+部署HPC集群 2021-08-11 第九次正式发布。 新增 1.1-图解HPC解决方案 2019-02-15 第八次正式发布。 新增 配额调整 2018-09-30 第七次正式发布。 修改 安装和使用MPI(X86 BMS场景) 在HPC集群上运行MPI应用(X86
HPC-S²与其他服务的关系 服务名称 HPC-S²与其他服务的关系 主要交互功能 弹性云服务器(ECS) 购买弹性云服务器创建HPC集群或使用已有弹性云服务器部署HPC集群。 自定义购买ECS 虚拟私有云(VPC) 同一个HPC场景的云服务器,都位于同一个VPC中,并且需要使用VPC中的子网和安全组进行相关的网络安全隔离。
配置单个ECS免密登录 操作场景 该任务指导用户在单个弹性云服务器内执行相关配置,使其可以免密登录。 背景信息 $:表示在普通用户下,执行相关操作。 #:表示在管理员用户下,执行相关操作。 普通用户切换至管理员用户,请使用命令sudo su。 前提条件 已成功创建弹性云服务器,并绑定了弹性IP进行登录。
节点删除 操作场景 集群当前的节点数较多,可以选择将部分节点进行删除,对集群进行缩容操作以同时节省费用。 集群中某个节点出现异常且无法手动恢复后,可使用节点删除将该节点进行删除操作,随后根据需要再重新进行集群扩容操作。 操作须知 无论单节点删除或是批量删除,管理节点是禁止删除操作的。
配置ECS集群互相免密登录 操作场景 该任务指导用户在ECS集群上进行相关设置,并使其可以相互免密登录。仅支持在使用密钥登录弹性云服务器的情况下配置ECS集群互相免密登录。 背景信息 $:表示在普通用户下,执行相关操作。 #:表示在管理员用户下,执行相关操作。 普通用户切换至管理员用户,请使用命令sudo
--with-mxm=/opt/hpcx-v2.0.0/mxm # make all install 图1 安装OpenMPI 系统回显的安装过程如图1所示,且退出后无报错,说明安装OpenMPI成功。 配置MPI环境变量。 在“~/.bashrc”添加如下环境变量: export PATH=$P
ense.sh 执行以下命令,安装软件部分。 # rpm -ivh ibm_smpi-10.1.0.3eval_170901-rh7_Apr11.x86_64.rpm 图2 安装软件 配置MPI环境变量。 默认情况下,Spectrum MPI会安装至“/opt/ibm/spect
执行以下命令,给密钥文件配置权限。 $ sudo chmod 600 id_rsa 执行以下命令,ssh方式登录本节点,验证是否可以不输入密码登录BMS。 $ ssh localhost 图1 免密登录BMS 系统回显结果如图1所示,可以无密钥登录本节点,表示权限配置成功。 依次登录集群中其他BMS,重复执行步骤1~5。
Intel MPI 操作场景 本节指导用户在ECS上安装和使用Intel MPI应用(以版本l_mpi_2018.0.128为例)。 前提条件 已配置弹性云服务器免密登录。 操作步骤 安装Intel MPI。 下载Intel MPI。 下载地址:https://software.intel
按照提示输入Enter或1(accept the agreement)直到安装完成,以下为安装成功界面。 图1 Platform MPI安装成功 默认安装路径为/opt/ibm/platform_mpi。 配置MPI环境变量。 执行以下命令,获取pkey。 # cat /sys/c
安装和使用MPI(X86 BMS场景) 该任务指导以CentOS7.3的OS为例在单节点上运行MPI应用。 裸金属服务器场景支持使用的MPI 安装和使用IB驱动自带的Open MPI 安装和使用社区OpenMPI 安装和使用Spectrum MPI 安装和使用Intel MPI 安装和使用Platform
据Mellanox提供的操作指导进行安装。 以操作系统CentOS 7.3为例,推荐安装4.2.1版本的安装包,下载安装包“MLNX_OFED_LINUX-4.2-1.2.0.0-rhel7.3-x86_64.tgz”,并执行以下命令进行安装: # yum install tk tcl
社区OpenMPI Spectrum MPI Intel MPI Platform MPI 以下小节的内容详细介绍了MPI的安装与使用,您可以根据需要选择合适的MPI进行安装。 父主题: 安装和使用MPI
处理方法 检查“/etc/ssh/sshd_config”配置文件,确保配置文件中“AuthorizedKeysFile”添加了“/usr/local/.hpccluster/role/.ssh/authorized_keys”配置项。 检查“/usr/local/.hpccluster/role/
HPC当前支持的MPI包括: 驱动自带的OpenMPI 社区OpenMPI MPICH 以下小节的内容详细介绍了MPI的安装与使用,您可以根据需要选择合适的MPI进行安装。 父主题: 安装和使用MPI(鲲鹏BMS场景)
社区OpenMPI Spectrum MPI Intel MPI Platform MPI 以下小节的内容详细介绍了MPI的安装与使用,您可以根据需要选择合适的MPI进行安装。 父主题: 安装和使用MPI(X86 BMS场景)
也对断点续算有集成支持,如PBS、Slurm与LSF等。 本节以LAMMPS为例,介绍如何在HPC进行断点续算。 步骤1 安装FFTW 依次执行以下命令,安装FFTW软件。 yum install gcc-gfortran gcc-c++ wget http://www.fftw
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