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zip”文件复制到“abc”文件夹中。复制数据时可单击图标创建文件夹。 图2 复制数据 下载数据 下载数据操作会产生流量费用,计费方式为按需计费,计费详情请参考OBS数据下载费用。 以下操作步骤是在“数据中心”页面下载数据至本地。 在“数据中心”页面,下载数据至本地。 选择待下载的数据,单击“操作”列“下载”即可。
待恢复的上传任务会从结果清单的文件夹中查找,结果清单文件夹的路径参考附加参数--o。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 上传数据前需要使用switch命令进入待操作的项目。 列举路
bject没有以“/”结尾,object-dest结尾无论加“/”或不加“/”,都会将object移动到object-dest目录下。 可参考命令结构了解该参数的使用方式。 object-dest 无 是 目标路径。 --fr -R 否 移动对象时生成结果清单文件。移动对象时该参数可选
鼠标指向左侧数据列表,选择需要解除引用的数据。单击右侧图标,解除引用关系。 图5 解除引用 下载数据 下载数据操作会产生流量费用,计费方式为按需计费,计费详情请参考OBS数据下载费用。 以下操作步骤是在“数据”页面下载数据至本地。您也可以使用命令行工具实现数据的下载。 展开数据文件夹,选择待下载的数据。
发布应用 您可以将创建的应用发布到资产市场,供其他项目订阅和使用。 发布资产前,需要先设置商标。详细可参考商标设置。 在“工具”页面选择“应用”。 选择需要发布的应用,单击“操作”列“更多”>“发布”。 在发布页面,填写发布应用的相关信息。 表1 发布应用参数说明 参数 说明 名称
上传受体:受体仅支持PDB格式的文件。 上传配体:配体仅支持SDF、MOL2、PDB格式文件,且只支持3D结构。 选择参考配体:当前自由能微扰支持自动规划路径,选择参考配体后系统自动计算,用户也可自主添加或删除配体对。 图1 上传文件 引用外部桶时,需要确保所引用的数据不超过45层级的目录。
使用”。 在具体的功能模块页面,配置相关参数信息。具体参考功能模块章节。 通过“作业中心”页面创建 新建作业 单击“新建”,在新建作业页面选择对应的模块。 图1 新建作业 单击“确定”,在对应的模块页面配置详细信息,具体请参考功能模块。 克隆作业 克隆已有的作业,作业的参数及流程一并克隆到新作业中。
购买计算资源 图5 设置计算节点标签 场景3 作业投递后显示运行成功,但是根据日志分析作业有报错,也未能正确输出相关信息。 排查思路、解决方法请参考查看执行结果章节的说明。 场景4 参数配置的不合理导致的作业执行失败。 解决方法 选择运行失败的分析作业,单击操作列“更多>重试”。 在弹出的提示框中选择“更改参数”。
发布流程 您可以将创建的流程发布到资产市场,供其他项目订阅和使用。 发布资产前,需要先设置商标。详细可参考商标设置。 在“工具”页面选择“流程”。 选择需要发布的流程,单击“操作”列“更多”>“发布”。 在发布页面,填写发布流程的相关信息。 表1 发布流程参数说明 参数 说明 名称
分子搜索 可自定义数据库,以用户输入的参考化合物结构为起点,可以按照相似度或者骨架从小分子数据库中搜索到相似结构和排序,可实现百亿级小分子的秒级搜索。 单击“分子搜索”功能卡片,进入分子搜索页面。 在配置页面,进行分子搜索配置,包括输入小分子、选择搜索算法、选择输出个数。 图1 分子搜索页面
列举桶内多版本对象,列举结果包含最新版本的对象和历史版本的对象。 --marker -M 否 列举桶内对象的起始位置,返回结果是按照字典序排序后该参数之后的所有对象,具体可参考列举示例。 --versionIdMarker -V 否 列举桶内多版本对象的起始位置,返回结果是对象名和版本号按照字典序排序后该参数之后的所有对象。
图2 删除数据库和追加数据 可以通过“追加数据”到数据库来增加数据条数。每次追加最多追加500万条数据。 图3 追加数据 CSS相关常见问题请参考常见问题文档中的CSS章节。 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
新建应用 详细的创建应用过程、镜像填写方法、参数填写方法,请参考创建应用样例章节。 单击“新建应用”,进入新建应用页面。 图1 新建应用 填写应用的基本信息,包括“名称”、“版本”、“图标”、“标签”、“短描述”和“描述”。 图2 基本信息 选择镜像和镜像版本。 详细的镜像介绍和制作方法请参见镜像管理。
项目名称,不填时默认为当前所在项目。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 执行以下命令,删除项目demo-project。 health delete project demo-project # 执行命令后,二次确认输入要删除的项目
新建研究 进入“专题”页面,单击“新建研究”。 图1 新建研究 参考表1,设置运行信息。 表1 参数说明 参数 说明 选择项目 选择创建好,并带有数据的项目。 研究名称 可自定义研究名称。 流程 选择资产市场中订阅的Docking Summary流程。 配体分子 选择上传的配体小分子文件。
发布数据 您可以将数据发布到资产市场,供其他项目订阅和使用。 发布资产前,需要先设置商标。详细可参考商标设置。 单击项目名称,进入项目管理页面,选择“数据”页签。 选择需要发布的数据或者文件夹,单击“操作”列的“更多>发布”。 图1 发布数据 在发布页面,填写发布数据的相关信息。
发布镜像 您可以将创建的镜像发布到资产市场,供其他项目订阅和使用。 发布资产前,需要先设置商标。详细可参考商标设置。 单击项目名称,进入项目管理页面,选择“镜像”页签。 单击需要发布的镜像名称,进入镜像详情页面。 单击“操作”列的“发布”。 图1 发布镜像 在发布页面,填写发布镜像的相关信息。
显示在左侧数据栏中,但目录a, 目录b 不支持数据归档。 平台系统管理员在自己的所有者、管理员、开发者、上传者项目可以引用OBS类型数据。平台系统管理员在自己的所有者、管理员、开发者、项目可以解除引用OBS类型数据。其他角色的用户仅能使用引用进来的OBS类型数据。 使用URL导入数据
也将发生变化。 2 菜单栏 菜单栏中有File、Edit、View、Insert、Cell、Kernel、Help等丰富功能。详细说明建议参考Jupyter Notebook使用文档,下方工具栏提供了常用的功能,能够满足常见的Python运行文件编写。 3 工具栏 工具栏罗列了支
在本地编写模板,模板中的参数与在EIHealth平台创建作业过程一致。 修改yaml模板时,详细的命令和参数请参见作业配置文件说明。 # 详情说明可参考API文档中作业管理-创建作业 job: name: demo-job