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发的新一代分子动力学模拟程序,具有高性能、模块化等特性,是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持,已经实现自由能微扰加速10倍以上。测试 父主题: 用户指南(盘古辅助制药)
发的新一代分子动力学模拟程序,具有高性能、模块化等特性,是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持,已经实现自由能微扰加速10倍以上。 父主题: 盘古辅助制药平台
和DESC,默认DESC,只有在--data参数使用时才生效。 --columns -c 否 当某个数据库实例列数非常多时,查看数据时会由于机器显示界面限制导致换行难以查看,添加此参数可以只显示想要查看数据的列名,多个列名用分号隔开(;),只有在--data参数使用时才生效。 --project 无 否 指定
output_dir: # 流程的当前工作目录,默认为根目录,用户可显示指定,必须以/开头,结尾不能有/。 tasks: #
com -o get-docker.sh sh get-docker.sh 检查安装结果。 执行docker --version命令,如果显示如下类似信息,表示Docker安装成功。 图1 Docker安装成功 步骤2:制作镜像 方法1:直接下载官方的FastQC镜像。 执行如下命令下载FastQC镜像。
e bash Anaconda3-2022.10-Linux-x86_64.sh 在第一个暂停中按“Enter”继续。 在第二个暂停中,将显示用户许可协议,按“Enter”阅读更多信息。 阅读完成后,输入“yes”,然后按“Enter”。 选择安装位置,按“Enter”。 安装完成后,输入“yes”。
com -o get-docker.sh sh get-docker.sh 检查安装结果。 执行docker --version命令,如果显示如下类似信息,表示Docker安装成功。 图1 Docker安装成功 步骤2:制作镜像 方法1:直接下载官方的FastQC镜像。 执行如下命令下载FastQC镜像。
switch project test命令进入到名为test的项目中。 将本地数据上传到test项目中的src文件夹中。 详细的数据操作命令,如下载、删除、拷贝、切换路径等请参见“命令行工具 > 数据管理命令”章节“命令行工具 > 数据管理命令”章节。 将本地D:\local\data\test
单击“镜像”,在镜像列表中查看已上传的镜像。 图1 镜像列表 【可选】单击“镜像类型”,对上传的镜像进行分类。 上传镜像时如果上传命令中未指定镜像类型,新上传的镜像默认显示为“OTHER”,您可以将镜像标记为“APP”或“NOTEBOOK”。 APP:用于创建应用的镜像。 NOTEBOOK:用于创建Notebook的镜像。
获取流程详情 功能介绍 获取流程详情 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/workflows/{workflow_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id
参数 简写 是否必选 说明 srcdir 无 是 源路径,支持本项目和其他项目的路径。 当源路径为其他项目时,与EIHealth平台数据导入功能对应,即拷贝其他项目文件至本项目。 destdir 无 是 目的路径,只支持本项目路径。 --rename -e 否 重命名,复制文件时该参数可选。
下载命令行工具 使用win键+R,输入cmd打开windows的cmd窗口。进入工具所在的目录,输入health命令,即可使用。 如果cmd窗口显示目录不是health文件所在目录,请使用cd命令切换路径。例如,切换至D盘: cd /d d: 图2 客户端 本示例中以Linux系统为例,介绍安装命令行工具的方法。
与源对象大小不一致,或者目标对象的最后修改时间早于源对象的最后修改时间时进行移动。 如果目标对象与源对象大小以及修改时间都一致,此时会直接删除源对象,而不进行移动操作。 --parallel -p 否 每个分段移动任务的最大并发数,默认为配置文件中的defaultParallels。
> 作业”页面。您可以在该页面,查看作业的执行状态。单击作业名称即可进入作业详情页,查看运行进展和执行结果。 图2 作业详情 单击“概述”列按钮,在展开的信息栏中查看作业的输入&输出、节点参数、应用,单击输入输出参数的路径,即可跳转至数据管理页面,查看相应数据。在作业的子任务中可以
OBSFS:obsfs-buckt-name:/path1/ # 返回结果如下 reference data successfully! 执行上述三个命令成功后,项目根目录层级显示如下: ├─lmx-test-project # 本项目名称 │ ├─path1 │ ├─path2
查询配体文件预览任务 功能介绍 查询配体文件预览任务。 URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/preview/{task_id} 表1 路径参数 参数
偏移量,查询起始偏移,必须由数字组成,默认为0,取值范围[0,100000000],获取数据作业列表时生效。 --log -g 否 在界面显示数据作业执行日志,需要与data-job-id一起使用。 说明: 参数--log和--file不能同时使用。 参数--log的优先级高于-
genomeagent镜像 使用genomeagent镜像 genomeagent镜像功能点介绍 父主题: 资产市场
Notebook 如何使用Notebook的Terminal功能 如何将Notebook中的数据下载至本地 如何在Notebook中安装外部库
template-id 无 否 template id,不填写时表示获取template列表,填写时表示获取template详情。 --sample -s 否 显示示例yaml文件内容,以yaml格式打印到控制台,需要直接获取示例文件可使用Linux输出流重定向。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。