MES 系统分为两大功能区块，再细分不同模块或功能，两大区块为车间配置中心与现场 执行系统或在线人员操作。
车间配置中心主要是 MES 系统的基本数据设定跟ERP的参数设定，而在线人员操作包含生产批开立 、设备派工及稼动、加工纪录数量及工时回报、生产信息收集、检验纪录、 ERP生产入库抛转及不良品处理。
车间配置中心包含9大模块，模块间具有先后关系如下：
九个模块，包含人员管理、模治具管理、设备管理、生产环境管理、生产模型管理、系统管理、 工单 管理，接续在现场执行系统管理中进行生产记录，些记录可以在在制品管理及看版与报表管理中进行统计分析。请注意，模治具管理及维修保养是选购模块，若未购买，该模块就不会出现在画面上。
1.机台稼动管理
机台设备是企业生产的重要产能资源，设备的稼动率越高，表示生产的成本较低，因此机台的稼动率必须即时的监控与统计。本功能透过系统实时纪录设备状态，待料、生产加工、故障、维修、保养与发生的时间，以进行设备的稼动统计。下图是稼动时间的定义：
2.生产不良与实时风险预警
不良品控管与废品管理是本系统提供的作业站质量风险预警功能，主要是产品在特定作业站完工出站时，若不良数超过警戒设定时，系统会给予实时的讯息。例如，出现警告讯息在屏幕，『警告！！不良数已超过3pcs，请通知品保单位处置』，然后顺利出站。或是直接对要移转到下一站的工单生产批【暂停】处置，让生产批从R变成W状态。就可以争取时间让现场主管或是品保来进行例外管理或风险监控，以避免质量不良率 的持续扩大。其功能架构如下：
3.网状或平行加工管理
网状制程或平行加工的功能，主要是提供金属加工产业，满足流程中的不同加工作业 可以同时并行或是不需严谨控制前后作业站关系的加工管理，其主要目的有二：
(1) 生产批分量执行不同制程的同步加工，可缩短生产产批的生产周期或leadtime。这里的作业站间没有先后关系。
(2) 可提升平行加工设备的设备稼动率。
4.作业站间单位转换
『单位转换』功能主要解决产品生产流程中，各作业站间发生计数单位不同时，在生产批的不同时机点，如，生产批开立后、进站报工后及出站报工后，进行不同单位间 数量的转换。例如，pcs 转换成 kg、cm 或 m 的需求。此功能常见于机加工型态中成品单位为 pcs 或为个或件，但在流程中的『热处理加工作业』或『电镀』其的计量单 位为重量『kg』的单位间转换问题。架构如下：
5.生产批分并批管理
当ERP制令工单进入 mes 系统后，生管人员会依据公司的生产特性进行生产批的开立， 例如依据现场储存架或料篮的移转批量来开生产批量，因而，工单产生的生产批数可 能是单一或数个生产批。生产批会进入生产现场，现场操作人员会依据这些生产批进 行进、出站的作业。分、并批管理是提供针对已经开立的生产批，进行再分批或将若干生产批进行合并的 功能。其实『分批』管理有其实务上执行的必要性，但并批通常并非有真正的需求。生管单位可依据本说明，决定是否要启动分批或并批的功能。也建议此功能只授权给 生管人员使用，以避免生产批管理及后续查询的复杂度。分批示意图如下：
6.报工还原 报工还原主要目的是提供，生产批的生产状态(如生产中 R)要还原到前一状态(如等待 进站 Q）时，无须经跳站、让步及重工流程，直接透过本功能执行，常见的两个情境时机如下：
时机 1:后站退回前站再加工 举例，3012 站要进站时，发现加工件有问题，想要将生产批零件退回给 3011 再加工或处理。
时机 2:生产批才进站加工，马上要取消变成等待状况(Q)
7.机台设备上料
本功能主要在监控机台上的关键物料存货及耗用状况。当制令工单的领料从仓库领至产线或生产现场时，ERP只能以在制材料来管理。一般的 RP系统无法追踪这些料件在哪一台机台上。为提供此信息，本系统设计了机台上下料的功能。
8.模治具保养及寿命管理(此为选购系统)
产品生产若需要使用模治具且模治具需要透过系统来进行定量保养及寿命管理时，就可选购及启用本功能。模治具管理的基础数据关系于车间配置中心的三个模块，包括，生产模型管理、设备管理及模治具管理。其中流程有部分在模治具管理模块中执行，另一部分在生产任务中心执行，整体管理架构如下：
模治具管理有 8 个阶段，发料、模具设备上模、模具生产、模具故障、模具维修，模具设备下模、模具保养及模具入库，各阶段均能实时记录时间与状态，也能提供主管进行效率分析并进行改善决策。
9.工位机与序号组装管理(此为选购系统)
有些组装业者，在产品追踪或生产历程管理时，须针对成品的序号及若干组成部件(零组 件或物料)序号进行配对，以利生产或采购来源追踪或客户服务管理。当有此需求时就可购买本与起用本功能。 管理目的：
1.成品及组装部件(零组件)的序号配对及序号关连管理。
2.组装线设备稼动率管理。
3.组装 eSOP 现场作业实时查询(eSOP 操作作业标准书)。
