VarScan2如何配置
简介
VarScan2是独立于平台的突变调用程序，用于在lllumina、SILiD、Life/PGM、Roche/454和类似仪器上生成的靶向，外显子组和全基因组数据重测序。最新版VarScan2使用Java编写，因此它可以在绝大多数平台运行。
配置流程
1.配置编译环境
1）安装相关依赖。
yum install-y git java-1.8.0-openjdk2.获取源码
获取“VarScan2 v2.4.1”源码包。
cd/usr/local/src
git clone https://github.com/dkoboldt/varscan.git3.运行和验证
查看jar包执行参数。
cd varscan
java-jar VarScan.v2.4.1.jar出现类似如下回显表示VarScan2可正常使用。
VarScan v2.4
***NON-COMMERCLAL VERSION***
USAGE:java-jar VarScan.jar[COMMAND][OPTIONS]
COMMANDS:
pileup2snp Identify SNPs FROM a pileup file
pileup2indel Identify indels a pileup file
pileup2cns Call consensus and variants from a pileup file
...
