什么是VCFtools
简介
VCFtools是一种可以对VCF文件和BCF文件进行格式转换及过滤的工具，其中很多过滤及计算功能可以自己使用perl或者python编写脚本实现，但都不如这个工具的运算速度快。
配置流程
1.配置编译环境
安装相关依赖。
yum install autoconf dh-autoreconf automake zlib-devel
2.获取源码
获取“vcftools-0.1.16”源码包。
cd/usr/local/src wget https://github.com/vcftools/vcftools/archive/v0.1.16.tar.gz-O vcftools-0.1.16.tar.gz
3.编译和安装
1）解压并进入源码目录。
tar-zxvf vcftools-0.1.16.tar.gz cd vcftools-0.1.16
2）生成configure文件。
.
/autogen.sh
3）配置生成Makefile。
./configure-prefix=/usr/local/vcftools
4）编译安装。
make-j4 make install
5）配置环境。
a.修改环境变量。
vim/etc/profile
在“/etc/profile”文件末尾增加下面代码：
export PATH=/usr/local/vcftools/bin:$PATH
b.按“Ecs”，输入“wq!”保存后退出。
c.运行下面命令，使修改的环境变量生效。
source/etc/profile
4.运行和验证
1）查看版本。
查看VCFtools版本信息。
vcftools--version
当系统回显类似如下信息是，表示VCFtools安装成功。
VCFtools(0.1.16)
2）测试数据。
test目录下有很多例子，通过输入如下命令，进行测试。
cd/usr/local/src/vcftools-0.1.16/examples vcftools--vcf shuffle-test.vcf--missing-site--out ms
当系统回显类似如下信息是，表示VCFtools能够正常使用。
VCFtools(0.1.16) (C)Adam Autom and Anthony Marchetta 2009 Parameters as int erp reted: --vcf shuffle-test.vcf --out ms --missing-site After filtering,kept 2 out of 2 Individuals Outputting Site Missingness After filtering,kept 6 out of a possible 6 Sites Run Time=0.00 seconds
