简介

Strelka2是一种快速，准确的小变异体调用程序，已用于分析小型队列的种系变异和肿瘤/正常样本对的体细胞变异。

配置流程

1.配置编译环境

1）安装相关依赖。

yum install-y wget tar bzip2 make libstdc++-static zlib-devel

2）安装gcc8.3。

请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpengcpl/gcc_01_0001.html安装。

3）安装boot1.69。

a.下载源码。

wget https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.69.0/source/boost_1_69_0.tar.gz

b.压缩并进入源码包。

tar-zxvf boost_1_69_0.tar.gz
cd boost_1_69_0

c.编译并安装boost。

./bootstrap.sh&&./b2 install-j4

d.安装“boost.build”。

cd tools/build
./bootstrap.sh&&./b2 install--prefix=/usr/local/boost

2.获取源码

获取“Strelka2 v2.9.10”源码包。

cd/usr/local/src
wget https://github.com/Illumina/strelka/releases/download/v2.9.10/strelka-2.9.10.release_src.tar.bz2

3.编译和安装

1）解压并进入源码包。

tar-jxvf strelka-2.9.10.release_src.tar.bz2
cd strelka-2.9.10.release_src

2）生成makefile文件。

mkdir build&&cd build
../configure--prefix=/usr/local/strelka2

3）编译安装Strellka2。

make-j4&&make install

4.运行和验证

1）执行测试用例。

cd/usr/local/src/strelka-2.9.10.release_src/src/demo
bash/usr/local/strelka2/bin/runStrelkaGermlineWorkflowDemo.bash

执行完毕后会在当前文件夹生成“strelkaGermlineDemoAnalysis”目录，目录下有“runWorkflow.py”文件。

2）查看文件版本信息。

./strelkaGermlineDemoAnalysis/runWorkflow.py--version

出现如下回显，表示Strellka2安装成功。

2.9.10