SnpEff是什么_SnpEff介绍及配置流程-华为云

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SnpEff如何配置

时间: 2020-11-03 14:31:58

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简介

SnpEff是一款常用的突变位点注释工具。这款软件基于Java语言开发，安装过程相对简单，下载后解压缩即可使用。

1.配置编译环境

1）安装JDK1.8。

yum install-y java-1.8.0-openjdk

2.获取源码

获取“SnpEff”源码包。

mkdir-p/usr/local/src/snpeff&&cd/usr/local/src/snpeff
wget https://sourceforge.net/projects/snpeff/files/snpEff_latest_core.zip

3.编译和安装

1）解压下载文件。

unzip snpEff_latest_core.zip

4.运行和验证

1）下载数据。

cd snpEff
java-jar snpEff.jar download GRCh38.86

执行完毕后会在当前目录下生成一个“data/GRCh38.86”目录。

2）进行注释。

java-Xmx4G-jar snpEff.jar GRCh38.86 examples/test.chr22.vcf&gt;test.chr22.ann.vcf

执行完毕后会在当前目录生成“test.chr22.ann.vcf”文件。