STAR-Fusion是什么
简介
STAR-Fusion是一款基于STAR比对结果进行融合基因鉴定的软件。
配置流程
1.配置编译环境
1）安装相关依赖。
yum install perl-ExtUtils-MakeMaker perl-Data-Dumper perl-DB_File perl-JSON-XS-y
2）安装STAR-2.7.0f。
请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpcs/kunpenghpcs_prtg_0022.html安装。
3）安装SAMtools。
请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpenghpc/samtools_01_0001.html安装。
2.获取源码
获取“STAR-Fusion-v1.6.0”源码包。
cd/usr/local/src wget https://github.com/STAR-Fusion/STAR-Fusion/releases/download/v1.6.0/STAR-Fusion-v1.6.0.FULL.tar.gz
3.编译和安装
1）解压并进入源码包。
tar-zxvf STAR-Fusion-v1.6.0.FULL.tar.gz&&cd STAR-Fusion-v1.6.0
2）编译STAR-Fusion。
make-j12
4.运行和验证
1）下载测试所需的文件。
cd/opt wget https://data.broadinstitute.org/Trinity/CTAT_RESOURCE_LIB/_genome_libs_StarFv1.6/GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play.tar.gz tar-zxvf GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play.tar.gz
2）执行测试程序
cd/usr/local/src/STAR-Fusion-v1.6.0/testing gzip-d reads_1.fq.gz gzip-d reads_2.fq.gz ../STAR-Fusion--left_fq reads_1.fq--right_fq reads_2.fq--genome_lib_dir/opt/GRCh37_gencode_v19_CTAT_lib_Mar272019.plug-n-play/ctat_genome_lib_build_dir--CPU 12
执行完毕后会出现如下回显，并且在当前目录下生成一个“STAR-Fusion_outdir”目录，输出文件全部在该目录中。
*STAR-Fusion complete.See output:star-fusion.fusion_candidates.tsv(or.abridged.tsv version)
