什么是SAMtools
简介
SAMtools是一组实用程序，用于与Heng Li编写的SAM，BAM和C RAM 格式的短DNA序列读取比对进行交互并进行后处理。这些文件是由短读取对齐器（如BWA）作为输出生成的。提供了简单和高级工具，支持复杂任务，例如变体调用和对齐查看以及分类、索引、数据提取和格式转换。
配置流程
1.配置编译环境
安装相关依赖
yum install-y bzip2 bzip2-devel ncurses ncurses-devel xz xz-devel libcurl libcurl-devel zlib zlib-devel
2.获取源码
获取“samtools-1.10”源码包。
cd/usr/local/src
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10.tar.bz2
3.编译和安装
1）解压并进入源码包。
cd/usr/local/src/
tar-jxvf samtools-1.10.tar.bz2&&cd samtools-1.10
2）配置生成Makefile。
./configure
3）编译samtools。
make-j4&&make install
4.运行和验证
查看samtools版本信息。
samtools--version
当系统回显类似如下信息时，表示samtools安装成功。
