RSEM是什么
简介
RSEM是用于从RNA-Seq数据分析的软件包。RSEM软件包提供了用户友好的界面，支持用于EM算法，单端和双端读取数据，质量得分，可变长度读取和RSPD估计的并行计算的线程。
配置流程
1.配置编译环境
1）安装Perl，版本要求不低于5.8.8。
请参见https://support.huaweicloud.com/prtg-kunpengcpl/perl_01_0001.html安装。
2）安装R，版本要求不低于3.3.1。
yum install R-y
2.获取源码
获取“RSEM v1.3.1”源码包。
cd/usr/local/src wget https://github.com/deweylab/RSEM/archive/v1.3.1.tar.gz
3.编译和安装
1）解压并进入源码包。
tar-zxvf v1.3.1.tar.gz cd RSEM-1.3.1
2）编译安装RESM。
make-j4&&make install prefix=/usr/local/rsem
3）设置环境变量。
将“export PATH=/usr/local/rsem/bin:$PATH”写入“/etc/profile”文件最后一行。
vim/etc/profile export PATH=/usr/local/rsem/bin:$PATH source/etc/profile
4.运行和验证
测试RSEM是否安装完成。
rsem-calculate-expression--version
返回内容如下所示，表示安装已经完成。
[root ecs~]#rsem-calculate-expression--version Current version:RSEM v1.3.1
