Picard是什么
简介
一组Java命令行工具，用于处理高通量排序（HTS）数据和格式。
配置流程
1.配置编译环境
安装相关依赖。
yum install-y git java-1.8.0-openjdk
2.获取源码
获取“picard-2.23.0”源码包。
cd/usr/local/src git clone https://github.com/broadinstitute/picard.git
3.编译和安装
1）进入Picard目录。
cd picard
2）编译Picard。
./gradlew shadowJar
编译完成后会在“build/libs”目录里面生成“picard.jar”文件。
4.运行和验证
执行以下命令行查看Picard所包含的所有工具以及对应的简介。
java-jar build/lib/picard.jar-h
执行完毕后会回显类似如下信息：
USAGE：PicardCommandLine<program name>[-h] Available Programs: ------------------------------------------------------------------- Base Calling: Tools that process sequencing machine data,e.g.Illumina base calls,and detect... adapters CheckIlluminaDirectory Asserts the validity for specified Illumina basecalling data. CollectIlluminaBasecallingMetrics Collects Illumina Basecalling metrics for a sequencing run. ...
