简介
Oases是一个转录组组装器,旨在没有任何基因组组装的情况下从短读测序技术生成转录本。
配置流程
1.配置编译环境
安装相关依赖。
yum install-y git
2.获取源码
获取“oases”源码包。
cd/usr/local git clone--recursive https://github.com/dzerbino/oases
3.编译和安装
1)修改Makefile文件,将“/usr/local/oases/velvet/Makefile”CFLAG后面的“-m64”删除。
修改前。
CFLAGS=-Wall-m64
修改后。
CFLAGS=-Wall
2)编译Oases。
make-j4
编译完成后会在oases目录下生成可执行程序oases。
3)设置软连接。
ln-s/usr/local/oases/oases/usr/bin/oases
4.运行和验证
查看Oases版本信息。
oases--version
回显如下信息则表示Osaes安装成功。
oases 0.2.09