GMAP是什么
简介
mRNA和EST序列的基因组定位和比对程序。
配置流程
1.获取源码
获取“gmap-2015-09-21”源码包。
cd/usr/local/src wget http://research-pub.gene.com/gmap/src/gmap-gsnap-2015-09-21.tar.gz
2.编译和安装
1）解压并进入源码包。
cd/usr/local/src/ tar-zxvf gmap-gsnap-2015-09-21.tar.gz&&gmap-2015-09-21/
2）配置生成Makefile。
./configure--prefix=/usr/local/GMAP--build=arm-linux
3）编译和安装。
make-j4&&make install
4）配置GMAP环境。
a.在文件“etc/profill”末尾添加如下内容。
export PATH=$PATH:/usr/local/GMAP/bin
b.按“Esc”，并且输入“wq!”保存退出。
c.输入如下命令，使环境变量生效。
3.运行和验证
查看GMAP版本信息。
gmap--version
回显类似如下信息，代表GMAP安装成功。
GMAP version 2015-09-21 called with args:gmap--version GMAP Genomic Mapping and Aligment Program Part of GMAP package,version 2015-09-21 Build target:arm-unknown-linux-gnu Features:pthreads enabled,alloca available,zlib available,mmap available,littleendian,sigaction available,64 bits available Popcnt:builtin_popcount Builtin functions:bultin_clz builtin_ctz builtin_popcount ...
