BCFtools是什么
.jpg)
.jpg)
.jpg)
.jpg)
简介
BCFtools是一组实用程序，以Variant Call Format（VCF）及其二进制副本BCF处理变量调用。所有命令都可以与未压缩和BGZF压缩的VCF和BCF透明地一起使用。
配置流程
1.配置编译环境
安装相关依赖。
yum install zlib-devel bzip2 bzip2-devel xz-devel-y
2.获取源码
获取“bcftools-1.9”源码包。
cd/usr/local/src
wget https://github.com/samtools/bcftools/releases/download/1.9/bcftools-1.9.tar.bz2
3.编译和安装
1）解压并进入源码目录。
tar-jxvf bcftools-1.9.tar.bz2
cd bcftools-1.9
2）配置生成Makefile。
./configure--prefix=/usr/local/bcftools
3）编译安装。
make-j4
make install
4）配置环境。
a.修改环境变量。
vim/etc/profile
在“/etc/profile”文件末尾增加下面代码：
export PATH=/usr/local/bcftools/bin:$PATH
b.按“Esc”，输入“wq!”保存后退出。
c.运行下面命令，使修改的环境变量生效。
source/etc/profile
4.运行和验证
1）测试数据。
“test”目录下有很多例子，通过输入如下命令，进行测试。
cd/usr/local/src/bcftools-1.9
make test
当系统回显类似如下信息时，表示BCFtools测试成功。
Number of test:
total..823
passed..823
failed..0
2）查看版本。
查看BCFtools版本信息。
bcftools--version
当系统回显类似如下信息时，表示BCFtools安装成功。
bcftools 1.9
Using htslib 1.9
Copyright(c)2018 Genome Research Ltd.
License Expat:The MIT/Expat license
This is free software:you are free to change and redis tribute it.
There is NO WARRANTY,to the extent permitted by law.
