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生成分子SVG图 功能介绍 生成分子SVG图。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/svg 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id
自定义镜像创建Notebook样例 Notebook提供了在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码,在创建Notebook时,平台为您提供了系统镜像。同时,您也可以使用自定义镜像,创建Notebook,满足个性化的开发需求。 本章节介绍如何使用自定义镜像创建Noteboo
物研发的新模式。盘古药物分子大模型学习了17亿个药物分子的化学结构,模型参数上亿,是目前最大的小分子药物模型。华为盘古药物分子大模型在分子生成、属性预测、生物活性预测和分子优化等20多个药物发现任务上均达到性能最优。 SPONGE 分子模拟是指利用计算机以原子水平的分子模型来模拟
Notebook简介 EIHealth平台集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。Notebook使您无需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 关于Jupyter No
vcf文件生成数据库。创建的数据库需要保证数据文件与模板对应。创建数据库时,可以不选择导入的数据文件,建立空的数据库,后期可以新增数据行或者导入数据。如果使用自动作业的数据表创建数据库,在导入数据,需要参照数据库模板格式进行导入。 您可以导入本项目或使用其他项目中的数据生成数据库。
同时集成了基于开源的Jupyter Notebook,可为您提供在线的开发和调试工具,用于编写和调测模型训练代码。 图1 使用流程 服务声明 医疗智能体服务声明,将为您介绍在使用华为云医疗智能体服务时所享有的权利、履行的义务和责任。 父主题: 用户指南(基因平台)
发布中的镜像可以取消,取消后状态为发布失败。 已发布的镜像可以订阅和下线。 同一个发布者可以发布同名称,同类型的镜像。若版本不同,则合并。用户在使用时,可以选择对应的版本号进行订阅或者下线。若版本相同,则更改版本后发布。 已发布的镜像,可以在“资产市场>我的发布”中进行下线。下线后已经订阅的镜像不可以使用。
生成分子SDF三维结构 功能介绍 生成分子SDF三维结构。 URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-common/ligand/sdf 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述
有管理员用户可进行操作。 在平台右上角用户名中选择“系统设置”,设置邮件配置。 服务器地址:邮箱开通SMTP功能时的服务器地址,不同邮箱开通SMTP方式不同,请使用搜索引擎查找邮箱开通SMTP方式。 邮箱地址:填写邮箱地址,用于发送EIHealth平台的消息通知。 用户名:邮箱的用户名,如果未修改过,默认为邮箱地址。
引获取认证账号的AK/SK,请妥善保管AK/SK信息。 图2 访问密钥 每个用户仅允许新增两个访问密钥。 为保证访问密钥的安全,访问密钥仅在初次生成时自动下载,后续不可再次通过管理控制台页面获取。请在生成后妥善保管。 获取区域名称 区域是一个地理区域的概念,由于带宽原因,会在多个地区建立数据中心,提供服务。
登录界面 子用户(子管理员、操作员) 登录医疗智能体管理控制台。 选择IAM用户登录,填写账号名、IAM用户名、密码,登录平台。 账号名:与管理员(购买平台的账户)的账号名一致。 IAM用户名、密码:创建子用户时设置的用户名和密码。 图2 IAM用户登录界面 父主题: 用户管理
苗头化合物发现 分子对接 分子属性预测 分子搜索 CPI预测 分子生成 父主题: 功能模块
对于输入参数,打开“并发”开关,在启动作业时,每个参数可以设置多个参数值,自动生成多个作业并发执行。并发执行的作业数为设置的参数值个数的乘积。 例如,存在输入参数a和输入参数b,在启动作业时,分别给参数a设置了2个参数值,给参数b设置了2个参数值。那么,系统将自动生成4个作业并发执行。 对于输出参数,如果镜像启动
导入或上传镜像 镜像导入 镜像按照项目进行划分和管理,隶属于不同项目的镜像可以使用“镜像导入”,导入到本项目中,进行使用。 使用“镜像导入”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击项目名称,进入所选项目,并选择“镜像”,进入镜像管理页面。 单击“镜像导
py37 生成Notebook kernel。 conda install -n py37 ipykernel python -m ipykernel install --user --name py37 --display-name "conda_py37" 使用新生成的Notebook
数据库功能可以将任务运行过程中产生的数据文件按照模板生成数据库。 数据库名称:数据库的名称。 输出文件格式:可以将流程生成的分子对接结果,保存为.txt、.csv或.vcf格式。使用“Docking Summary”流程时,保存格式为.txt。 相对路径:流程运行完成后,会按照流程子任务的名称生成数据文件,相对路径
0分钟,即作业运行至多100天。 图1 作业设置 场景2 作业投递后处于运行中,但是无日志打印,也没有任何符合预期的输出文件生成。 排查思路 首先需要用户自行确认一下投递的作业是否会在控制台打印日志,如果是有重定向日志输出到具体文件的话,此处无日志为正常现象。 子任务的事件中,确认作业子任务的实例是否有正常创建。
数据库简介 EIHealth平台提供了数据库的创建、查询和管理能力。您可以将表型、基因型或其他数据导入EIHealth平台并生成数据库。同时,除了自定义数据库外,支持将作业运行中产生的数据文件创建为数据库。 创建数据库时,数据库模板为您提供了一个数据表的搭建框架,可通过数据库模板
显示名称:应用在流程中的显示名称,可修改。 镜像启动命令:镜像启动的命令。可在右上角放大查看,在右下角下拉查看。 源项目:显示应用隶属的项目。 输入参数:由用户在创建应用时定义。 输出路径:输出数据的存放路径,可修改。 高级参数:CPU需求、Memory需求、GPU类型、GPU需求,请按照使用需求
BS路径。如果想直接使用已有的文件或数据,可将数据提前上传至对应的OBS路径下。 包含本项目桶最多挂载6个,不包含本项目桶最多挂载5个。 用户在Notebook列表的所有文件读写操作是基于所选择的OBS路径下的内容操作。 参数填写无误后,单击“立即创建”,创建Notebook。 步骤3:预览AutoGenome案例