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导入用户 EIHealth平台支持把华为云的IAM子用户导入至平台子用户。通过导入已有子用户,增加用户使用的便捷度,方便用户维护账号。 IAM用户导入只支持使用Domain用户导入。 使用管理员账户登录医疗智能体平台。 在右上角用户名中选择“用户管理”。 图1 用户管理 在用户管理页面
享。提供安全、开放的资产共享和使用,加速基因、药物、临床应用的开发与落地,保障开发生态链上各参与方高效地实现各自的商业价值。 订阅资产 资产市场提供官方发布的镜像、数据、应用、流程资产。您可以查看各类资产的详细介绍和使用方法,并订阅资产至项目中使用。 单击所需的资产名称,查看资产的详细信息。
二选一。 作业运行时,每个应用称之为一个task,应用可以设置多个输入参数,一个输入参数可以设置多个输入值。 task间使用;;分隔,input的参数路径间使用;;分隔。 例如task1.input1=datapath1;;datapath2;;task1.input2=xxx;xxx;;task2
txt结尾的任意文件。 您可以使用“\*”代表匹配“*”字符本身,使用“\?”代表匹配“?”字符本身。如果待移动的对象名匹配该参数,则跳过该对象的移动。 建议使用引号传递该匹配模式(macOS/Linux操作系统使用单引号,Windows操作系统使用双引号)防止特殊符号被操作系统
ReceptorDrugFileReq 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url
数据库(可选) 数据库对应的是“项目管理>数据库”功能,可按使用需要购买。 图1 购买数据库 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
Docker环境。 使用自己的电脑搭建Docker环境。 使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 本示例中使用华为云弹性服务器ECS,并通过ECS搭建Docker环境。在创建ECS时,可以选择ECS的操作系统。例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。
可靠、低成本的数据存储能力,可供用户存储任意类型和大小的数据。 宫颈癌细胞病理筛查API支持直接使用华为云OBS服务进行数据的存储,以减少服务使用成本,降低服务的响应时长,提升服务使用的体验。 考虑到数据的安全,服务无法直接获取到用户数据,需要用户开启OBS的公共读授权。 开启公共读权限
标签,多个标签使用;符号分隔开。 --nodeLabels -n 否 用于让应用调度到设置了该标签的节点上。 标签数量取值范围[0,1]。单个标签最大长度为63字符,必须以health.开头。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 如果同时使用yaml
导入或上传镜像 镜像导入 镜像按照项目进行划分和管理,隶属于不同项目的镜像可以使用“镜像导入”,导入到本项目中,进行使用。 使用“镜像导入”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击项目名称,进入所选项目,并选择“镜像”,进入镜像管理页面。 单击
project-name 无 否 项目名称,不填时默认为当前所在项目。 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 执行以下命令,删除项目demo-project。 health delete project demo-project
test # 返回结果如下 create archive h-test2 successfully! Linux和macOS使用时,多个路径使用;进行分隔,整个路径使用''引起。例如: ./health create archive lmx-test-cli --path 'newjob/;output/'
容器引擎几乎支持在所有操作系统上安装,用户可以根据需要选择要安装的容器引擎版本。请使用自己的电脑搭建Docker环境,或者使用华为云弹性云服务器ECS搭建Docker环境。 例如,在Linux操作系统下,可以使用如下命令快速安装容器引擎。 curl -fsSL get.docker.com
创建数据库 创建数据库 数据库支持使用.csv、.txt、.vcf文件生成数据库。创建的数据库需要保证数据文件与模板对应。创建数据库时,可以不选择导入的数据文件,建立空的数据库,后期可以新增数据行或者导入数据。如果使用自动作业的数据表创建数据库,在导入数据,需要参照数据库模板格式进行导入。
权限。 图1 系统级别用户管理 图2 项目级别用户管理 购买平台的账号是资源的归属以及使用计费的主体,对其所拥有的资源具有完全控制权限。 在您购买了平台后,所属账户即为平台的管理员账户。可以使用“用户管理”功能,创建子用户,并给子用户分配管理员或操作员权限。不同用户权限如表 用户权限所示。
资源看板 在“资源看板”中,您可以实时监控计算资源、存储资源、性能加速、数据库的使用情况。 图1 资源看板 父主题: 购买计算资源(主账号操作)
创建应用时,需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如,设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时,首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照FastQC的调用命令设置参数和镜像启动命令。 图1 FastQC命令
OBS集群的IOPS达到了上限。 解决方案 更改分析存储介质,例如使用更高性能的IO加速方案(SFS Turbo、EVS),如使用SFS Turbo加速,在投递作业时可以选择“IO加速”。 降低通量运行,进而降低带宽、IO需求,使得带宽、IO满足生产需求。 优化软件算法,如使用内存做缓存等,降低软件的IO需求。
1],单个标签最大长度63字符 最小长度:1 最大长度:63 数组长度:0 - 1 io_acc_id 否 String 自动作业使用的IO加速实例id,不填表示不使用 最小长度:0 最大长度:128 tasks 否 Array of JobTaskDto objects 自动作业依赖的流程信息
目。 例如,使用health switch project ngs-project命令进入到名为ngs-project的项目中。 使用命令行工具,用mkdir命令创建存储数据的文件夹。 例如,使用health mkdir input-data命令创建名为input-data的文件夹。