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批量执行NGS分析 对于测序得到的大量数据,批量并自动执行NGS分析是提高工作效率的有效方式。 从搭建、执行NGS流程中可以看出,图形化的操作界面提供了友好、便捷的操作体验,但是当面临大批量的测序数据时,需要重复设置输入、输出、执行等步骤。为进一步提高NGS流程的执行效率,本章节介绍如何
log提示其它因脚本语法的问题,请根据报错信息进行修改,若无法解决请提交工单或联系服务技术支持。 作业状态已为完成态,task仍在运行中 问题现象 作业的状态已为完成态(失败、成功、取消),但是仍有部分task处于运行中。 解决方案 无需特殊处理,以作业状态为准,查看异常的task日志。 重试作业或者删除作业出现内部异常
将EIHealth平台预置的应用构建成流程,并运行作业。以二代基因组分析流程:fastp,bwa-mem,bamqc,picard-insertsize两个算法为例。 应用是对每个软件的镜像封装,将应用封装好后可以反复利用并也可以让其他人很容易的使用,不用担心复杂的开发环境问题。 流程是由1
计算资源 单击计算资源页面,列表中会显示已购买的计算资源,以及是否可用等信息,若新购买的账号则列表为空。 图1 计算资源 单击“购买计算资源”按钮购买计算资源。可以根据业务需要选择不同的资源类型,其中可用区可以选择任意可用区即可。并支持包年包月购买,或者按需购买。 图2 购买计算资源
作业投递后处于运行中,但是无日志打印,也没有任何符合预期的输出文件生成。 排查思路 首先需要用户自行确认一下投递的作业是否会在控制台打印日志,如果是有重定向日志输出到具体文件的话,此处无日志为正常现象。 子任务的事件中,确认作业子任务的实例是否有正常创建。 图2 子任务的事件 查看实例的事件,查看实例是否有正常创建。
并开通华为云时提供的用户名等信息,用于登录并操作EIHealth平台的项目、数据等资产。这些信息的处理将遵循您已接收的《华为云用户协议》及《隐私政策声明》约束。 下载地址中带有sha256后缀的链接,指的是对应软件包的校验文件。例如:Windows x64版本的下载链接是health-windows-x86_64
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而开发的一种框架语言,它能够很好的管理生信流程,并且将其与Conda、Docker、Singularity结合起来使用,可以很好的将流程在不同平台之间进行迁移,并且能够保证结果的可重复性。Nextflow最大的优点是它是基于数据流的程序模型,因此不用自己去写复杂的并行化的程序,只
医疗智能体目前支持的区域为“华北-北京四”、“华东-上海一”、华南-广州。 盘古辅助制药平台仅在“华东-上海一”支持。 不同区域云服务产品之间内网互不相通;请就近选择靠近您业务的区域,可减少网络延迟,提高访问速度。 平台用户权限限制 EIHealth平台支持两种类型的用户管理,可以帮助您安全地控制平台的访问和使用权限。
单击“新建”,在新建作业页面选择对应的模块。 图1 新建作业 单击“确定”,在对应的模块页面配置详细信息,具体请参考功能模块。 克隆作业 克隆已有的作业,作业的参数及流程一并克隆到新作业中。 在“作业中心”页面,单击作业操作列的“克隆”。 在作业详情页面修改对应的参数信息。 参数确认无误后,单击“提交”按钮。
优先级:运行优先级,分为0~9级,优先级高的作业会被优先执行。默认值为0。 如果当前投递的IO加速的作业,超过sfs总的作业配额数, 那么超出部分的作业会按照投递时间顺序,从最新投递的向前执行,不会按照优先级进行运行。 计算节点标签:作业会调度到含有相应标签的计算节点上。 当应用也配置了标签,如果应用和作业的计算节
镜像导入 单击“确定”,完成镜像导入。 从其他项目导入的镜像,在镜像列表“源项目”列中,显示所属的项目。 客户端上传镜像 使用命令行工具eihealth-toolkit上传镜像,详细的上传过程请参见上传镜像到SWR镜像仓库,详细的命令介绍请参见“命令行工具 > 镜像管理命令”章节。
行排序,页面搜索为按前缀搜索。 使用合规数据 您添加的数据属于您的内容,您应对您的内容的合法合规性负责,建议您根据对您可适用的法律法规,进行相应的脱敏、匿名、加密或其他符合要求的处理或采取相应保护措施,当您在复制或者引用数据的时候,需审视是否存在隐私数据,请谨慎操作。 上传数据方式
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进行资源的访问、共享和协作。详细介绍请参见项目管理,项目级用户不同角色对应的权限请参考成员角色和权限。 图1 系统级别用户管理 图2 项目级别用户管理 购买平台的账号是资源的归属以及使用计费的主体,对其所拥有的资源具有完全控制权限。 在您购买了平台后,所属账户即为平台的管理员账户
目成员具备相应的权限,不同类型成员所拥有的权限请参见成员角色和权限。 冻结:冻结项目。一个项目可能由于某些原因暂时中止,此时可以将项目暂时冻结,待下次重新启动时再激活。处于“冻结”状态的项目,用户无法进入该项目查看项目的开发环境、流程等历史运行情况,当前正在运行的分析作业会继续执
Agent,被设计为具有独立思考和行动能力的AI程序,只需提供一个研究目标和数据路径,即可自适应生成一个任务序列执行分析任务。 生信智能体AI Agent可以应对激增的多组学数据分析需求、高成本的生物信息学培训和满足不同应用场景的个性化需求,为多领域生命科学研究提供高效、定制化的数据分析支持。 使用g
获取并使用命令行工具eihealth-toolkit 步骤1:获取认证信息 步骤2:下载并安装命令行工具eihealth-toolkit 步骤3:初始化配置 步骤4:查看与执行操作命令
项目管理命令 获取项目 切换项目 创建项目 更新项目 删除项目 转移项目 添加项目成员角色 修改项目成员角色 移除项目成员的角色
应用管理命令 应用配置文件说明 创建应用 修改应用 查询应用 删除应用 导入应用