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EIHealth中的每一个分析作业都依托于应用运行。应用可以组合形成分析流程。 应用是生物信息学软件的镜像封装。您可以将软件制作成镜像,并将镜像上传至EIHealth平台,通过应用引入镜像。制作好的应用可以单独使用,也可以将多个应用编排入流程串联使用。在“项目管理”页面“工具”页签中,
台的镜像管理,实现高效的调用,极大方便了软件的安装和运行。 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。EIHealth平台使用容器镜像服务(Software
2。“图标”、“标签”、“短描述”、“描述”可选填。 图3 填写基本信息 选择镜像。 单击“选择镜像”,在“自定义镜像”列表中选择fastqc镜像和镜像版本。 依据FastQC命令说明填写镜像启动命令。 镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量,并以大括号扩起,以$符号进行引用。
项目是EIHealth平台的一个工作空间,可以在项目中存储数据,上传镜像和创建分析作业。也可以将团队成员引入到项目中,并通过设置成员角色实现项目权限的划分。 项目管理是以项目为粒度对数据、分析作业、开发环境和镜像进行分组。以便用户通过项目进行资源的访问、共享和协作。您可以创建项目
工具”页面的列表中,以“[资产市场]”进行标记。 订阅的镜像类资产,将显示在“项目管理 > 镜像”页面的列表中,以“[资产市场]”进行标记。 订阅的数据类资产,将显示在“项目管理 > 数据”页面。 收藏资产 资产市场提供了官方发布的镜像、数据、应用、流程资产,您可以进入资产页,单击右上
描述。长度范围为[0,1024]。 --image -i 是 notebook镜像,支持PY3或者指定项目中镜像(格式为SourceProjectName/ImageName:TagName)。 若选择PY3,则代表使用系统镜像创建notebook;若选择SourceProjectName/I
算结果等。 容器镜像服务(SWR) 容器镜像服务(Software Repository for Container,简称SWR)是一种支持镜像全生命周期管理的服务,提供简单易用、安全可靠的镜像管理功能,帮助您快速部署容器化服务。 医疗智能体使用SWR存储工具镜像,包括内置工具及自定义工具的存储。
据。。 数据上传成功后可以在数据详情页面查询,创建Nextflow流程时可以通过设置参数指定对应数据。 镜像上传可参考上传镜像。镜像上传成功后可以在镜像详情页面查询,复制其镜像地址填入Nextflow脚本中的container字段即可。 process test { container
使用Docking Summary流程 使用RNA-Seq Analysis Based on STAR流程 使用AutoGenome镜像 genomeagent镜像 父主题: 用户指南(基因平台)
--description -d 否 应用的详细描述。 --commands -c 否 镜像启动命令。设置方法请参见创建FastQC应用样例。 --image -i 否 镜像地址。获取方法请参见获取镜像地址。 --labels -l 否 标签,多个标签使用;符号分隔开。 --nodeLabels
制。 如果当前资源配额限制无法满足使用需要,您可以申请扩大配额。 EIHealth平台应用的基础设施如下: 统一身份认证(IAM) 容器镜像服务(SWR) 对象存储服务(OBS) 关于如何查看配额,如何申请扩大配额,请参见“《用户指南》 配额管理”章节。
最大长度:128 image_name 否 String 镜像名 最小长度:1 最大长度:128 image_tag 否 String 镜像tag名 最小长度:1 最大长度:64 profile 否 String 系统镜像名 枚举值: PY3 响应参数 状态码: 201 表8 响应Body参数
'/output' 获取镜像地址 对于已上传或平台上已有的镜像,您可以参考以下步骤拼接镜像地址。 登录医疗智能体平台,进入镜像所在的项目。 在页面上方单击“镜像”,进入镜像管理页面。 单击镜像名称,进入镜像详情页。在该页面查看“源项目”、“镜像名称”、“镜像版本”,按照以下规则拼接出应用配置模板中的image参数。
最小长度:1 最大长度:128 image_name String 镜像名 最小长度:1 最大长度:128 image_tag String 镜像tag名 最小长度:1 最大长度:64 profile String 系统镜像名 枚举值: PY3 表7 NotebookStorage 参数
命令行工具概述 镜像、应用、流程、作业 1. 制作镜像 2. 创建应用 3. 搭建流程 4. 执行分析作业 常见问题 了解更多常见问题、案例和解决方案 热门案例 AK/SK是什么?如何获取AK/SK 如何搭建Docker环境? 如何制作镜像? 如何将生物信息学软件封装为镜像? 更多 远程登录
行作业。以二代基因组分析流程:fastp,bwa-mem,bamqc,picard-insertsize两个算法为例。 应用是对每个软件的镜像封装,将应用封装好后可以反复利用并也可以让其他人很容易的使用,不用担心复杂的开发环境问题。 流程是由1各或者N个应用串联构建而成,平台页面
需关心分析软件包的安装、升级和维护等工作,只需聚焦于科研工作,从而加快科研进展。 镜像 Docker镜像是一个模板,是容器应用打包的标准格式,在部署容器化应用时可以指定镜像。例如一个Docker镜像可以包含一个完整的Ubuntu操作系统环境,里面仅安装了用户需要的应用程序及其依赖文件。
项目管理 收藏管理 镜像管理 标签页面管理 项目审计管理 虚拟药物筛选 父主题: API(医疗智能体平台)
最小长度:1 最大长度:128 image_name String 镜像名 最小长度:1 最大长度:128 image_tag String 镜像tag名 最小长度:1 最大长度:64 profile String 系统镜像名 枚举值: PY3 表9 NotebookStorage 参数
流程、作业 应用的参数和镜像启动命令如何设置 直接挂载OBS目录进行大规模计算,如何解决偶现报错