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选择“平均值”，则选择所有取值的平均值。 查看计算资源节点监控 您可以在计算资源页面，单击节点“监控”列后面的图标，直接查看资源节点的监控信息。上箭头是最大值，下箭头是最小值，虚线右边的数据是平均值。 图21 查看节点监控信息 父主题： 准备工作
基本概念 应用 医疗智能体应用是生物信息软件的镜像封装，应用既可以独立使用，也可以将多个应用编排入流程串联使用。用户可以制作自定义应用，创建分析流程。 流程 医疗智能体流程包含基因组学分析过程所需应用的执行先后信息以及数据输入输出等定义。分析流程由至少一个应用组成，流程中的各个应
Turbo加速，在投递作业时可以选择“IO加速”。 降低通量运行，进而降低带宽、IO需求，使得带宽、IO满足生产需求。 优化软件算法，如使用内存做缓存等，降低软件的IO需求。 针对特定的项目，对带宽或IO性能进行扩容。 提交工单或联系服务技术支持。 父主题： 流程、作业
镜像 如何搭建Docker环境？ 如何将生物信息学软件封装为镜像并上传？
选择CPU、GPU类型和大小，选择内存大小，内存单位为GB。 CPU架构依赖于制作镜像过程中选择的系统类型，以及制作镜像时所需的生物信息学软件支持在X86还是ARM上运行。例如，GATK是基于X86指令集开发的生信软件，使用CentOS的X86系统创建GATK镜像，则在创建应用时选择“X86”。 CPU需求：请按实际需求填写，取值范围为“0
计算资源扩缩容 计算资源管理 数据库资源管理 用户管理 作业清理配置 标签管理 消息中心管理 节点标签管理 医疗平台信息获取 性能加速资源管理 资源监控数据获取 存储资源查询 系统配置和供应商配置 系统配额及资源使用情况获取 父主题： API（医疗智能体平台）
获取作业事件 获取作业日志 获取子任务启动事件 获取子任务实例信息 获取子任务中实例的事件 获取子任务中实例的pod信息 获取子任务中实例的资源监控数据 重试作业 取消或强制停止作业调度 批量取消作业 批量重试作业 批量删除作业 父主题： 应用管理
"conda_py37" 使用新生成的Notebook kernel。 在Files页面，选择新建的Notebook kernel。 安装新软件包。 查看pandas是否安装。如下表示 pandas未安装。 返回Terminal，切换到相应的环境“py37”，然后安装pandas。
以引用数据库。 镜像管理 您可以使用该工具对镜像执行标记、上传、下载、查询、导入、更新和删除标签等操作。 应用管理 应用是生物信息学软件和运行该软件所依赖的运行环境的镜像封装。 您可以使用该工具创建应用，并进行修改、删除、查询、导入操作。 流程管理 流程包含分析过程中所需应用的执
GEneration）是由北京大学高毅勤教授课题组与华为团队联合开发的新一代分子动力学模拟程序，具有高性能、模块化等特性，是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持，已经实现自由能微扰加速10倍以上。测试 父主题： 用户指南（盘古辅助制药）
GEneration）是由北京大学高毅勤教授课题组与华为团队联合开发的新一代分子动力学模拟程序，具有高性能、模块化等特性，是一个完全自主研发的分子模拟软件库。基于高毅勤教授课题组和华为团队的技术支持，已经实现自由能微扰加速10倍以上。 父主题： 盘古辅助制药平台
流程和算法。资深从业者能够基于镜像打造自己的分析流程。 使用流程 EIHealth提供了个性化分析流程的搭建和管理操作。您可以将生物信息学软件封装为应用，并将其编排调度，形成自定义分析流程。 同时集成了基于开源的Jupyter Notebook，可为您提供在线的开发和调试工具，用于编写和调测模型训练代码。
制作镜像。 【可选】根据网络情况，配置基础镜像中的PyPi Mirror，对下载进行加速。基础镜像中的PyPi Mirror，默认配置为华为云软件开发云的PyPi mirror。您可以在容器中执行如下命令，查看PyPi Mirror。如果您想用其他PyPi Mirror，可将命令中的
创建容器应用基本流程 快速创建一个kubernetes集群 04 使用 EIHealth提供了个性化分析流程的搭建和管理操作。您可以将生物信息学软件封装为应用，并将其编排调度，形成自定义分析流程。 准备工作 1. 购买服务 2. 获取认证信息 3. 下载命令行工具 4. 命令行工具初始化
基于Res-VAE和表达谱对单细胞数据降维 使用该Notebook时需要运行相应的代码模块，运行步骤如下所示。 环境配置：加载AutoGenome以及辅助绘图的软件包。 读取配置文件：通过json文件配置输入和输出路径。 模型训练：针对提供的数据和模型参数，AutoGenome会搜索得到最优的神经网络
收藏资产 公共资产列表 表1 资产列表 分类 资产名称 说明 镜像 image-stitching 针对TB级3D鼠脑稀疏标记成像数据的全自动拼接软件，减少数据分析50%的错误率，节省20%的时间，助力脑科学研究的效率提升。 AutoGenome AutoGenome为Notebook镜
息栏中查看作业的输入&输出、节点参数、应用；在作业的子任务中可以查看日志、事件；在事件页签，可以查看实例的事件详情、下载YAML文件、查看监控。如果并发执行了多个作业，则会产生多个子任务。 对于执行失败的作业，鼠标指向作业状态，在弹出的提示框中可以查看“失败信息”和“失败原因”。
17 制作bwa-mem镜像 在本地搭建Docker环境。 要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。 下载bwa和samtools软件。 wget http://downloads.sourceforge.net/project/bio-bwa/bwa-0.7.17.tar
将原始配体作为口袋位置，也可以通过上传配体文件来进行口袋设置。 选择残基 选择某些残基来作为口袋位置。 自动预测 如果受体口袋位置未知，可以使用自动预测软件来进行口袋位置预测。 全局对接 将整个受体作为口袋位置。 自定义 手动修改口袋位置和大小。 padding 口袋位置放大多少尺寸。 配置成功后，单击“提交”。
discvrseq-variantqc 输入参数 ref-file file 参考基因组序列。 variants-file file 变异检测软件（gatk4）生成的变异文件（vcf file）。 输出参数 json-file file 以JSON文件的格式输出的质控报告。 html-file
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