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bashrc”文件,添加如下配置内容。 export PATH=$PATH:/usr/mpi/gcc/openmpi-3.0.0rc6/bin export LD_LIBRARY_PATH=/usr/mpi/gcc/openmpi-3.0.0rc6/lib64 执行以下命令,导入配置的MPI环境变量。
解压。 # tar -xzvf openmpi-3.1.1.tar.gz # cd openmpi-3.1.1 执行以下命令,安装需要的库文件。 # yum install binutils-devel.x86_64 libibverbs-devel 执行以下命令,编译安装OpenMPI。
为确保集群能正常创建/部署,需保证安全组规则22端口开放,具体配置方法请参见:为安全组添加安全组规则。 一站式HPC服务使用弹性文件服务SFS作为文件共享存储,更多关于弹性文件系统的信息,请参见《弹性文件服务用户指南》。 操作步骤 登录HPC-S²控制台。 单击管理控制台左上角的,选择区域和项目。 单击“部署HPC集群”。
MPI运行可执行文件。 假设hello.c文件在“/home/rhel/”目录下,生成的可执行文件名为hello,执行以下命令: $ cd /home/rhel/ $ mpicc hello.c -o hello 执行以下命令,在单个BMS上通过Spectrum MPI运行可执行文件。 $
是从sfs turbo console中获取到的挂载的路径。 第1个1表示备份文件系统,第2个1表示从/分区的顺序开始fsck磁盘检测,0表示不检测,_rnetdev 表示主机无法挂载直接跳过,避免无法挂载主机无法启动。 设置服务开机自启动 systemctl enable rpcbind
只能由英文字母、数字、“-”以及“.”组成。 名称不能以“-”、“.”开头和结尾。 不能包含连续的“-”和“.”,例如“--”、“..”、“-.”和“.-”。 hpc-001.p1 选择 “弹性文件服务”。 弹性文件服务自动根据“网络配置”当中所选VPC筛选,如果不存在弹性文件系统,需手动创建,并添加对
在部署/创建集群过程中出现某个节点未加入集群或者不存在需要怎么办? 集群云服务器节点创建完成,但在部署过程中失败了能否修复? 集群创建任务提交失败,提示“Insufficient EIP quota”怎么办? 集群创建提交失败,提示集群配额不足怎么办? 集群的管理节点为运行状态,但是集群异常提示“master
在单个BMS上通过MPICH运行可执行文件。 $ mpirun -np 2 -hostfile /home/rhel/hostfile /home/rhel/hello 图2 集群上运行MPICH成功 hostfile文件在运行时需要指定路径,可执行文件hello路径需为绝对路径,集群中所有可执行文件在同一路径下。
hostfile /home/rhel/hello 图3 集群上运行Spetrum MPI成功 hostfile文件在运行时需要指定路径,可执行文件hello路径需为绝对路径,集群中所有可执行文件在同一路径下。 父主题: 在HPC集群上运行MPI应用(X86 BMS场景)
/home/rhel/hello 图3 BMS集群上Platform MPI运行成功 hostfile文件在运行时需要指定路径,可执行文件hello路径需为绝对路径,集群中所有可执行文件在同一路径下。 父主题: 在HPC集群上运行MPI应用(X86 BMS场景)
host-192-168-0-75 /root/spe_hello 图1 在集群上通过Spectrum MPI运行可执行文件 hostfile文件在运行时需要指定路径,可执行文件hello路径需为绝对路径,集群中所有可执行文件在同一路径下。 父主题: 在HPC集群上运行MPI应用
hostfile /home/rhel/hello 图3 BMS集群上运行Intel MPI成功 hostfile文件在运行时需要指定路径,可执行文件hello路径需为绝对路径,集群中所有可执行文件在同一路径下。 父主题: 在HPC集群上运行MPI应用(X86 BMS场景)
hostfile /home/rhel/hello 图3 集群上运行社区OpenMPI成功 hostfile文件在运行时需要指定路径,可执行文件hello路径需为绝对路径,集群中所有可执行文件在同一路径下。 父主题: 在HPC集群上运行MPI应用(X86 BMS场景)
hostfile /home/rhel/hello 图2 集群上运行社区OpenMPI成功 hostfile文件在运行时需要指定路径,可执行文件hello路径需为绝对路径,集群中所有可执行文件在同一路径下。 父主题: 在HPC集群上运行MPI应用(鲲鹏BMS场景)
-machinefile hostfile -np 12 /root/intel_hello hostfile文件在运行时需要指定路径,可执行文件hello路径需为绝对路径,集群中所有可执行文件在同一路径下。 图3 集群上运行Intel MPI成功 父主题: 在HPC集群上运行MPI应用
确认关闭防火墙成功 依次登录集群中所有BMS,重复执行步骤1.2~步骤1.3,关闭所有BMS的防火墙。 修改配置文件。 登录集群中任意一台BMS, 执行以下命令,添加hosts配置文件。 # vi /etc/hosts 添加的内容为集群中所有BMS的私网IP和主机名,例如: 192.168
-machinefile hostfile /root/platform_hello hostfile文件在运行时需要指定路径,可执行文件hello路径需为绝对路径,集群中所有可执行文件在同一路径下。 图3 集群上运行Platform MPI成功 父主题: 在HPC集群上运行MPI应用
修改Makefile文件01 图2 修改Makefile文件02 执行以下命令,编译lammps,并将当前目录生成的lmp_mpi文件拷贝至“/share”目录。 make mpi 步骤3 配置lammps 算例输入文件。 以melt为例,生成一个算例melt.in文件。设置每迭代10
c,关闭所有BMS的防火墙。 修改配置文件。 登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,查看BMS的主机名。 $ hostname 图2 查看BMS的主机名 依次登录集群中所有BMS,重复执行1.b~2.b,获取所有BMS的主机名。 登录集群中任意一台BMS。 执行以下命令,添加hosts配置文件。 # vi
DHCP动态配置: 标准的DHCP帧格式包括了硬件类型(htype)、硬件地址长度( hlen)、 硬件地址(chaddr)等字段。由于MAC地址字段的长度不能容纳IPoIB的硬件地址,因此定义client-identifier字段来标识client端dhcp会话。该client-identifi