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使用RNA-Seq流程的详细步骤如下所示: 步骤1:订阅流程 步骤2:上传待分析数据 步骤3:创建分析作业 步骤4:查看执行结果 步骤1:订阅流程 使用RNA-Seq流程前,需要您在资产市场中订阅该流程。 在“资产市场”中查找“RNA-Seq Analysis Based on STAR”流程。 单击界面右侧“订阅”图标,订阅该流程。
平台通过云审计服务(CTS)提供操作记录的收集、存储和查询,审计操作可以设置导出用户的读操作和写操作(默认)和仅写操作(可选),保存周期可以设置需要保存的审计日志的保存周期,下载按钮可以下载最近7天内最新的1万条数据审计日志,查看按钮可以查看及下载保存的审计日志。 通过审计日志可用于支
非最终结果的数据存储在SFS中用以提高任务运行效率,作业执行完成后会清理释放SFS空间。对于涉及频繁读写场景的任务建议开启IO加速,开启前需要先购买性能加速。 本地盘加速:使用计算节点的本地盘进行加速。使用本地盘加速时,需保证购买的计算节点带有“数据盘”。OBS桶中的数据不支持本
多层文件夹不能超过45层。 数据列表按照先文件夹后文件的顺序排列。文件夹默认为首字母排序,文件可按照时间顺序排序,但始终在文件夹后面显示。 上传数据 选择数据需要上传的文件夹,并单击“添加数据”或者直接单击“添加数据”。 在添加数据页面,上传待分析数据。 数据上传成功后,单击“确定”。 上传文件大小
0.2000元/GB 0.0600元/GB 恢复完成后,会同时收取标准+归档存储两份钱。 存储空间单价*容量*剩余天数/30。超过90天不需要补。 用户每次恢复归档数据,按照流量收取费用。 用户的归档存储类型的归档数据不足90天删除,需收取相应费用,费用参照OBS存储费用。 用户
多层文件夹不能超过45层。 数据列表按照先文件夹后文件的顺序排列。文件夹默认为首字母排序,文件可按照时间顺序排序,但始终在文件夹后面显示。 上传数据 选择数据需要上传的文件夹,并单击“添加数据”或者直接单击“添加数据”。 在添加数据页面,选择“上传”,上传待分析数据。 数据上传成功后,单击“确定”。
在用户管理页面,单击“导入用户”,进入“导入用户”页面。 在导入用户页面,可以选择“用户”或者“用户组”进行导入。 图2 导入用户 导入的IAM子用户需要具有管理控制台访问方式。 导入用户时不能超出配额。如果超出配额,进行配额调整后,5分钟后生效。 以用户组的方式导入时,若超出配额的部分会导入失败。
使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放至所需的目录下。macOS执行命令和linux一致, 如果当前目录为health所在目录,可以使用./health命令使用命令行工具。 如果当前目录不是health所在目录,需要使用绝对路径。如当前目
使用Linux版本命令行工具时,您需要在本地搭建Linux环境,并将下载的health文件放至所需的目录下。macOS执行命令和linux一致, 如果当前目录为health所在目录,可以使用./health命令使用命令行工具。 如果当前目录不是health所在目录,需要使用绝对路径。如当前目
'分隔多个值 cpus Integer 指定task执行需要的cpu数量 memory String 指定task执行需要的内存大小 disk String 指定task执行需要的磁盘大小 time String 指定task执行需要的时间 表6 NextflowTaskResourceUsage
应用 最小长度:0 最大长度:24 gpu String gpu申请使用量,取值范围[0-16],仅支持整数,Snt9有特殊约束,申请数量需要是0,1,2,4,8。对于应用,不填默认0;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0
应用 最小长度:0 最大长度:24 gpu String gpu申请使用量,取值范围[0-16],仅支持整数,Snt9有特殊约束,申请数量需要是0,1,2,4,8。对于应用,不填默认0;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0
最小长度:0 最大长度:24 gpu 否 String gpu申请使用量,取值范围[0-16],仅支持整数,Snt9有特殊约束,申请数量需要是0,1,2,4,8。对于应用,不填默认0;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0
String 子任务实际名称,取值范围[1,32],只能以大小写字母开头,由大小写字母、数字、中划线(-)、下划线(_)组成,以大小写字符或数字结尾。需要和已有子任务的名称一致。 最小长度:1 最大长度:32 inputs 否 Array of TaskParameterDto objects
据可在归档中心查看或恢复。 在归档过程中请不要对归档的文件或者文件夹进行添加、更改操作,以免造成您的数据损失。 选择归档数据 选择该项目下需要归档的数据。 单击“确认”,进行归档。 归档操作将记录在“归档”页面,您可以在该页面查看归档记录,并进行归档恢复、删除操作。归档恢复时,您
步骤2:新建流程 在“工具 > 流程”页面,单击“新建流程”按钮,填写流程名称,版本等信息。 图3 新建流程 利用拖拽的方式将左侧边栏应用列表中的需要执行的应用拖拽到中间画布上,这里我们将fastp,bwa-mam,bamqc,picard-insertsize算法拖拽到中间画布上。 图4
查询的监控资源对象id,当查询存储资源和计算节点资源中的集群监控数据时,不需要填写资源id 最小长度:1 最大长度:128 device_id 否 String 显卡id,仅查询裸金属节点的gpu监控时,需要指定 最小长度:1 最大长度:128 请求参数 表3 请求Header参数
最小长度:0 最大长度:24 gpu 否 String gpu申请使用量,取值范围[0-16],仅支持整数,Snt9有特殊约束,申请数量需要是0,1,2,4,8。对于应用,不填默认0;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。覆盖关系:作业->流程->应用 最小长度:0
选择上传的受体蛋白文件夹。这里会默认用文件夹里面所有的蛋白质和配体小分子文件里面的小分子进行一一对接。 超时时间 根据受体配体对个数进行调整,一个受体配体对对接大约需要25s。 图2 运行信息 单击“提交”,运行作业。 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
# gpu申请使用量,取值范围[0-16],仅支持整数,Snt9有特殊约束,申请数量需要是0,1,2,4,8。对于应用,不填默认0;对于流程和作业,不填默认使用前一级的配置,填值会覆盖更新。