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自定义数据库 - 医疗智能体 EIHealth
000条,超过5,000,000条将进行截取。文件必须有两列是“SMILES”、“NAME”,不区分大小写。文件不允许有中文,数据库小分子会自动去重。 数据文件列名:选择数据库列名,仅解析前100个列名,支持选择12个列名保存到数据库。 组织共享: 如果关闭,则该数据库只能自己使用。
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创建FastQC应用样例 - 医疗智能体 EIHealth
fastqc:v0.11.5 . 详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考。 步骤3:上传镜像 下载命令行工具并进行初始化配置。 使用health switch project命令进入到所需的项目中。 # 命令结构 health switch project <project-name>
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文件拷贝 - 医疗智能体 EIHealth
tPartSize。 支持带容量单位配置,例如,配置1MB代表1048576字节。 支持配置为auto,此时obsutil会根据源对象大小自动设置每个分段任务的段大小。 --cpd -C 否 生成断点记录文件的文件夹,默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_checkpoint。
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移动对象 - 医疗智能体 EIHealth
ltPartSize。 支持带容量单位配置,例如,配置1MB代表1048576字节。支持配置为auto,此时obsutil会根据源对象大小自动设置每个分段任务的段大小。 --cpd -C 否 生成断点记录文件的文件夹,默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_checkpoint。
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增量同步 - 医疗智能体 EIHealth
ltPartSize。 支持带容量单位配置,例如,配置1MB代表1048576字节。支持配置为auto,此时obsutil会根据源文件大小自动设置每个分段任务的段大小。 --cpd -C 否 生成断点记录文件的文件夹,默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_checkpoint。
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JupyterLab简介及常用操作 - 医疗智能体 EIHealth
JupyterLab”,可直接打开此Notebook实例对应的JupyterLab页面。 图1 进入JupyterLab 进入JupyterLab页面后,自动打开Launcher页面,如下图所示。您可以使用开源支持的所有功能,详细操作指导可参见JupyterLab官网文档。 图2 JupyterLab主页
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构造请求 - 医疗智能体 EIHealth
myhuaweicloud.com/v3/auth/tokens Content-Type: application/json 请求消息体 请求消息体通常以结构化格式发出,与请求消息头中Content-type对应,传递除请求消息头之外的内容。若请求消息体中参数支持中文,则中文字符必须为UTF-8编码。
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获取扩容策略详情 - 医疗智能体 EIHealth
Integer 扩容节点数下限 scaling_times Integer 伸缩次数 scaling_enable Boolean 是否开启自动扩容 cpu_rule_enable Boolean 是否开启cpu执行策略 cpu_percent Integer cpu分配率百分比
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上传数据 - 医疗智能体 EIHealth
tPartSize。 支持带容量单位配置,例如,配置1MB代表1048576字节。 支持配置为auto,此时obsutil会根据源对象大小自动设置每个分段任务的段大小。 --cpd -C 否 生成断点记录文件的文件夹,默认为运行obsutil命令的用户目录的子文件夹.obsutil_checkpoint。
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项目成员和权限 - 医疗智能体 EIHealth
查看、导出、下载 √ √ √ √ √ 作业管理 启动、停止、取消、重试、更新、删除 √ √ √ - - 查看、导出、下载 √ √ √ √ √ 自动作业管理 启动、停止、创建、更新、删除 √ √ √ - - 查看 √ √ √ √ √ Nextflow 启动、停止、重试、创建、更新、删除
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Notebook常用操作 - 医疗智能体 EIHealth
> ' " ; \ ` = # $ %% ^ & ( )的文件或文件夹。 图2 选择AI引擎“Python 3” 编写文件 新建文件后,自动进入文件编写页面,您也可以单击文件名称进入。 图3 编写文件 表1 编写文件页面介绍 区域 区域名称 详细说明 1 文件名称 您可以在此区
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查询分子生成任务 - 医疗智能体 EIHealth
GenerationResultItem objects 分子生成结果条目 initial_dataset_size Integer 初始化数据集的分子条目数 strong_constraints Array of MoleculeConstraint objects 强约束集合
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新建流程 - 医疗智能体 EIHealth
新建流程 单击“新建流程”,进入流程设计器页面。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具,详细介绍请参见流程设计器。新建流程时,自动保存默认打开。 图1 新建流程 填写流程参数信息,填写完成后单击“确定”。 填写流程基本参数,包括“流程名称”、“版本”、“标签”、“短描述”和“描述”。
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使用Docking Summary流程 - 医疗智能体 EIHealth
directory 分子对接结果pdbqt文件所在的文件夹。 输出参数 dir-out directory 分子对接结果汇总信息(矩阵.xlsx、3D可视化文件.pdb、配体及受体结构图片.svg等)所在的文件夹。 参数填写无误后,单击界面上方“启动作业”,运行作业。 步骤4:查看执行结果 在“
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创建分子优化作业 - 医疗智能体 EIHealth
StrongConstraintDto objects 强约束集合。 数组长度:0 - 4 sampler_mixin_weight 否 Float 初始化采样权重,参数范围(0.5, 1),不包含0.5和1,默认为0.6。 最小值:0.5 最大值:1 缺省值:0.6 model_ids 否 Array
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查询分子优化作业详情 - 医疗智能体 EIHealth
Array of StrongConstraintDto objects 强约束集合。 sampler_mixin_weight Float 初始化采样权重。 models Array of BasicDrugModel objects 模型列表。 cluster_result ClusterJobRsp
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如何搭建Docker环境? - 医疗智能体 EIHealth
Dockerfile方式制作镜像是将快照制作的方式用Dockerfile文件写出来,然后执行docker build -t tsj/image:tag .命令,自动完成镜像制作。 命令中“.”表示DockerFile文件的路径,“tsj/image:tag”表示仓库名/镜像名:TAG名。 Dockerfile方式制作镜像常用命令示例:
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查询自由能微扰作业详情 - 医疗智能体 EIHealth
配体索引(从0起编号)。 最小值:0 最大值:99 file DrugFile object 配体文件 name String 配体名称,若无名称则自动命名,格式为UNK+索引(从1起编号)。 最小长度:1 最大长度:32 smiles String 分子SMILES表达式。 最小长度:1
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创建自由能微扰作业 - 医疗智能体 EIHealth
配体索引(从0起编号)。 最小值:0 最大值:99 file 是 DrugFile object 配体文件。 name 是 String 配体名称,若无名称则自动命名,格式为UNK+索引(从1起编号)。 最小长度:1 最大长度:32 smiles 是 String 分子SMILES表达式。 最小长度:1
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作业执行失败排查思路 - 医疗智能体 EIHealth
层级的文件隔离。如下图所示,如果三者填写的路径相同,请修改输出路径后重试,如果填写的不同,请联系服务技术支持解决。当三者均不填写时,平台会自动生成随机路径。 图9 作业级输出路径 图10 流程级输出路径 图11 子任务级输出路径 场景6 作业投递后运行失败,日志显示File name