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搭建NGS流程 登录医疗智能体平台,进入项目并选择“工具 > 流程”页签,单击“新建流程”。 图1 新建流程 在弹出的“流程设置”页面填写“流程名称”和“版本”,其他参数可选填。参数填写完成后,单击“确定”,完成流程设置。 在流程设计器左侧应用列表中选择fastp、bwa-mem应用,并使用鼠标拖拽至画布中。
高的小分子。骨架搜索是通过设置分子骨架搜索具有相同骨架的分子。 选择数据库:最多可选择10个数据库。 选择属性模型:选择AI模型。如果需要创建模型,可参考AI模型。此参数只有专业版支持。一次最多可以选10个模型属性。 输出个数:输出个数越多,任务时间越长。 作业名称:设置作业名称
像,并基于镜像创建应用。 本示例中制作FastQC镜像,并基于镜像创建应用,运行分析作业。 镜像简介 由于生物信息学软件,往往由于不同的操作系统(Windows、Linux、Mac等)原因,无法实现统一的运维管理。同时,这些软件具有不同的版本和软件包,安装、使用过程复杂。 将生物
方式1:使用预置的NGS流程 使用EIHealth平台预置的流程进行运行作业。 步骤1:订阅流程 进入资产市场订阅已有的流程,以二代基因测序数据的变异检测流程为例。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 步骤2:订阅数据 若您
药物数据库管理 创建数据库 获取数据库列表 删除数据库 更新药物数据库 数据库追加文件 父主题: API(盘古辅助制药平台)
分子对接作业管理 创建分子对接作业 查询分子对接作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
流程设计器 分析流程至少由一个应用构成,流程中的各个应用由其前后顺序形成完整的计算工作流,一个应用的输出作为另一个应用的输入。 流程设计器是一种用于创建、查看、修改流程的图形化工具。借助流程设计器,您可以拖拽工具到画布中,可视化链接各应用,指定应用的先后顺序。 流程设计器界面 流
添加分类标签 为了方便分类查看创建的应用和流程,您可以使用分类标签功能,筛选呈现带有相同标签的应用或流程。 在“工具”页面左侧,单击图标新建分类标签。 在添加分类标签弹窗中,输入“名称”,勾选需要呈现的标签名称。最多可以勾选5个标签。 图1 添加分类标签 勾选完成后单击“确定”。
导入或上传镜像 镜像导入 镜像按照项目进行划分和管理,隶属于不同项目的镜像可以使用“镜像导入”,导入到本项目中,进行使用。 使用“镜像导入”功能,用户需是其他项目中的成员,且为其他项目的“所有者”或“管理员”。 单击项目名称,进入所选项目,并选择“镜像”,进入镜像管理页面。 单击
分子生成作业管理 创建分子生成作业 查询分子生成作业详情 父主题: API(盘古辅助制药平台)
新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 虚拟药物筛选简介 获取示例数据 创建虚拟药物筛选任务
进入JupyterLab主页后,可在“Notebook”区域下,选择适用的AI引擎,单击后将新建一个对应框架的Notebook文件。 由于每个Notebook实例选择的工作环境不同,其支持的AI框架也不同,下图仅为示例,请根据实际显示界面选择AI框架。 图3 选择AI引擎并新建一个Notebook 新建的Notebook文件将呈现在左侧菜单栏中。
创建数据库实例 使用create命令创建数据库实例。 命令结构 health create database instance <instance-name> [flags] 或者 health create db instance <instance-name> [flags]
获取数据库实例 使用get命令获取数据库实例列表、详情或者查询数据库数据。 命令结构 health get database instance <instance-id> [flags] 或者 health get db instance <instance-id> [flags]
订阅Docking Summary流程 进入资产市场订阅Docking Summary流程。 图1 订阅流程 可以在“工具 > 流程”列表可以看到刚刚订阅的流程。 图2 查看订阅的流程 父主题: 运行大规模虚拟药筛任务
应用的参数和镜像启动命令如何设置? 创建应用时,需要设置应用的输入、输出参数和镜像的启动命令。需要您熟悉所制作的生物信息学软件的使用并具备一定的开发经验。 例如,设置FastQC应用的参数和镜像启动命令时,首先通过阅读FastQC介绍和FastQC命令说明了解软件的使用。并依照F
几种不同类型的归档,区别是什么? 标准存储 标准存储访问时延低和吞吐量高,因而适用于有大量热点文件(平均一个月多次)或小文件(小于1MB),且需要频繁访问数据的业务场景。 适合高性能,高可靠,高可用,频繁访问场景。 归档存储 归档存储适用于很少访问(平均一年访问一次)数据的业务场
不同类型的归档,费用分别是多少? 选择归档存储类别涉及以下三种计费: 归档类别数据的存储费用 恢复归档数据的流量费用 提前删除归档数据(不满90天)收取的费用 存储类型 存储空间(按需) 存储套餐包(1TB 1年) 数据取回(直读) 数据取回(加急/标准) 删除对象 标准存储 0
测试CSS集群连接 功能介绍 测试CSS集群连接。 URI POST /v1/{project_id}/drug/css-clusters/connection 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。
项目管理常用操作 对项目执行冻结、解冻、转移、分享和删除操作时,需要项目成员具备相应的权限,不同类型成员所拥有的权限请参见成员角色和权限。 冻结:冻结项目。一个项目可能由于某些原因暂时中止,此时可以将项目暂时冻结,待下次重新启动时再激活。处于“冻结”状态的项目,用户无法进入该项目