基因容器 GCS-示例:步骤3:投递任务

时间:2023-11-01 16:13:34

步骤3:投递任务

环境准备好后,就可以投递任务了。

当前Cromwell引擎可以通过命令行和SDK两种方式使用。

  • SDK的使用方法请参见Python SDK参考。初始化后调用Cromwell相关接口即可投递任务。
  • 命令行使用方法请参见命令参考。安装命令行工具后,使用gcs sub wdl即可投递Cromwell任务。

这里使用命令行工具作为示例投递任务,如下所示。

gcs sub wdl example.wdl -i example.inputs -s gcs-env-test

gcs sub wdl是命令,example.wdl是流程文件,-example.inputs为输入文件,gcs-env-test是步骤2:准备Cromwell环境中创建的Cromwell环境的名称。

回显内容如下。
current environment is gcs-env-testcreate wdl succeed{"id":"aa215e0b-c896-4138-865e-6cf7921246b6","status": "Submitted","message": ""}
support.huaweicloud.com/cromwell-gcs/example_of_cromwell.html