基因容器 GCS-入门必读:文档导读

时间:2023-11-01 16:19:27

文档导读

基因容器的计算环境可以使用云容器实例(Cloud Container Instance,CCI)、云容器引擎(CloudContainer Engine,CCE)、Cromwell引擎和病毒基因分析平台。

  • 云容器实例,不需要关注底层计算资源的创建与维护,通过简单的配置即可快速部署容器负载。如果基因分析流程成熟稳定,建议您使用云容器实例环境,可以省去对资源的关注。基于云容器实例的快速入门,请参见基于CCI执行gcs-grammar流程
  • 云容器引擎,您需要创建管理集群及节点资源。云容器引擎使与云容器实例不同点在于环境的底层资源不同,其余基本相同。
  • Cromwell引擎,Cromwell 是 Broad Institute 开发的工作流管理系统。通过 Cromwell 可以将 WDL(Workflow Description Language) 描述的 workflow 运行在CCI容器中。详细使用方法请参见Cromwell引擎使用指南
  • 病毒基因分析平台,使用基因容器分析病毒基因组,实时反馈分析结果,简单易用,请参见病毒基因组分析平台入门
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