医疗智能体 EIHEALTH-批量执行NGS分析:NGS配置文件示例

时间：2024-11-05 15:55:19

医疗智能体 EIHEALTH

NGS配置文件示例

NGS作业由十个Task执行完成，本示例以fastp和bwa-mem两个Task为例，介绍.yaml文件填写规则，完整的NGS配置文件请参考本示例以及获取NGS作业配置文件章节得到的作业信息和模板填写。

job:
  name: ngs-test
  description ''
  priority: 0
  timeout: 1440
  output_dir: ''
  workflow_id: ngs-workflow::1.0.0::ngs-project
  tasks:
  - task_name: task-1-fastp
    inputs:
    - name: fastq-file1 
      values:
      - 'ngs-project:/ngs/NA12878_0.R1.fastq.gz'
    inputs:
    - name: fastq-file2 
      values:
      - 'ngs-project:/ngs/NA12878_0.R2.fastq.gz'	
    resources:
      cpu: 0.1C
      memory: 0.1G
      gpu_type: ''
      gpu: '0'
  - task_name: task-2-bwa-mem
    inputs:
    - name: fq-file1
      values:
      - '${task-1-fastp.fq-file1}'
    - name: fq-file2
      values:
      - '${task-1-fastp.fq-file2}'
    - name: ref-file
      values:
      - 'ngs-project:/ngs/GCA_000001405.15_GRCh38_no_alt_plus_hs38d1_analysis_set.fna'
    - name: seq-platform
      values:
      - 'MGI'
    - name: sample-id
      values:
      - 'NA12878'
    resources:
      cpu: 16C
      memory: 10G
      gpu_type: ''
      gpu: '0'
...

上一篇：医疗智能体 EIHEALTH-批量执行NGS分析:获取NGS作业配置文件

下一篇：医疗智能体 EIHEALTH-批量执行NGS分析:获取NGS作业配置文件