医疗智能体 EIHEALTH-批量执行NGS分析:编写执行脚本并提交作业

时间：2024-07-03 11:01:24

编写执行脚本并提交作业

运行分析作业时，流程中的每一个应用称之为一个任务（Task），通过循环读取Task的输入数据，可以实现作业的批量执行。

例如，您可以在本地创建.bat格式的批处理文件，执行该脚本即可批量运行NGS分析作业。

@echo off

set list="task-1-fastp.fastq-file1=asset0331:/ngs/NA12878_0.R1.fastq.gz;task-1-fastp.fastq-file2=asset0331:/ngs/NA12878_0.R2.fastq.gz" "task-1-fastp.fastq-file1=asset0331:/ngs/NA12878_0.R1.fastq.gz;task-1-fastp.fastq-file2=asset0331:/ngs/NA12878_0.R2.fastq.gz"

health switch project ngs-project

for %%a in (%list%) do (
	echo %%a
	health create job -y D:\test\ngs.yaml -i %%a
	echo/
)
pause

图2 批处理文件说明
点击放大