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医疗智能体 EIHEALTH-批量执行NGS分析:获取NGS作业配置文件

医疗智能体 EIHEALTH-批量执行NGS分析:获取NGS作业配置文件

时间：2024-07-03 11:01:24

医疗智能体 EIHEALTH 基于二代测序的基因组突变检测

获取NGS作业配置文件

编写NGS作业配置文件有两种方式，建议您使用第一种，通过获取已经执行成功的NGS配置文件，并在该配置文件基础上进行修改，得到可以用于批量执行NGS的配置文件。本示例介绍使用方法一获取配置文件的方法。

方式一
 使用 EIHealth 平台完成NGS流程的搭建，并执行成功，然后在“分析作业”页面导出作业信息.yaml文件。
方式二
 使用命令行工具完成NGS流程的搭建，进而获取相应的配置文件。详细的操作请参见命令行工具。

使用switch命令进入NGS流程所在的项目。
例如，使用health switch project ngs-project命令进入到名为ngs-project的项目中。
使用health get job命令获取该项目下所有的作业信息。
查询NGS作业对应的job-id，使用health get job job-id命令获取NGS作业的信息。使用health get workflow命令查询NGS作业对应的workflow-id。获取到的作业信息如图1所示。

图1 NGS作业信息
health get job -s命令获取启动分析作业的模板。依据模板要求，将步骤3中获取到的NGS作业信息和workflow-id填充至模板中，修改好的配置文件示例请参见NGS配置文件示例。
请将该模板保存为.yaml格式至本地，并在本地完成模板修改。例如，命名为ngs.yaml。

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