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医疗智能体 EIHEALTH-制作并上传镜像:制作bwa-mem镜像

医疗智能体 EIHEALTH-制作并上传镜像:制作bwa-mem镜像

时间：2024-11-05 15:55:19
医疗智能体 EIHEALTH

制作bwa-mem镜像

  1. 在本地搭建Docker环境。

    要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。

  2. 下载bwa和samtools软件。 

    wget http://downloads.sourceforge.net/project/bio-bwa/bwa-0.7.17.tar.bz2
wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10.tar.bz2

  3. 编写Dockerfile将bwa和samtool镜像合并。

    详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考。
    1. 执行vi Dockerfile命令，进入Dockerfile文件中，编写文件。 
      FROM centos

ENV PATH $PATH:/usr/local/samtools/bin:/usr/local/bwa-0.7.17

ADD ./bwa-0.7.17.tar.bz2 /usr/local
ADD ./samtools-1.10.tar.bz2 /opt
RUN yum makecache && \
    yum install -y make gcc ncurses-devel bzip2-devel xz-devel zlib-devel&& \
    cd /usr/local/bwa-0.7.17 && make && \
    cd /opt/samtools-1.10 && ./configure --prefix=/usr/local/samtools && make && make install
    2. 按Esc键，并执行:wq保存并退出Dockerfile。
    3. 制作镜像。 
      docker build -t bwa_samtools:0.7.17-1.10 .

support.huaweicloud.com/bestpractice-eihealth/eihealth_32_0005.html

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