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医疗智能体 EIHEALTH-使用AutoGenome镜像:步骤4：使用AutoGenome

医疗智能体 EIHEALTH-使用AutoGenome镜像:步骤4：使用AutoGenome

时间：2024-08-12 10:52:08

医疗智能体 EIHEALTH

步骤4：使用AutoGenome

Notebook包含了端到端使用AutoGenome的代码，您可以使用Notebook案例复现AutoGenome示例的结果。

以“pbmc_res_vae.ipynb”为例，用户可以打开相应的代码集，直接运行该Notebook，也可以调整代码集中的代码，进行二次开发。
图2 基于Res-VAE和表达谱对单细胞数据降维
使用该Notebook时需要运行相应的代码模块，运行步骤如下所示。
1. 环境配置：加载AutoGenome以及辅助绘图的软件包。
2. 读取配置文件：通过json文件配置输入和输出路径。
3. 模型训练：针对提供的数据和模型参数，AutoGenome会搜索得到最优的神经网络结构。训练过程经过模型搜索阶段和模型训练阶段，在模型搜索阶段，根据json文件中的配置参数，对于选定的模型参数会训练一定步数，搜索得到较好结果的参数进行后续训练。训练过程中可选择在验证数据集上进行评估，评估结果更好的模型参数将会保留。
4. 提取降维之后数据：完成模型训练后，生成降维后的结果数据。
当您在运行AutoGenome示例出现“Warning：restart the kernel and run the notebook again！”时，请单击Notebook工具栏中的按钮，重启Notebook环境，并重新执行出现告警的代码。
您可以在Notebook工作目录中上传数据，使用AutoGenome工具。数据上传下载请参见数据的上传和下载。

对于非挂载目录以外的目录下的文件，重启Notebook后会消失。例如，上传文件至Notebook的根目录下，该文件并不在被挂载的obs路径中，重启Notebook，该文件会消失。

图3 Upload上传数据

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