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医疗智能体 EIHEALTH-如何将生物信息学软件封装为镜像并上传？:步骤4：创建应用

医疗智能体 EIHEALTH-如何将生物信息学软件封装为镜像并上传？:步骤4：创建应用

时间：2024-12-18 20:15:26

医疗智能体 EIHEALTH

步骤4：创建应用

在“项目管理”页面“工具”页签中，单击“新建应用”。
填写应用的基本信息。
“名称”填写fastqc，“版本”填写v0.11.5.2。“短描述”、“描述”、“标签”可选填。

图2 填写基本信息
选择镜像。
单击“选择镜像”，在“ 自定义镜像 ”列表中选择fastqc镜像和镜像版本。
依据FastQC命令说明填写镜像启动命令。
镜像启动命令需要引用输入、输出参数中的变量，并以大括号扩起，以$符号进行引用。

fastqc软件输入参数填写为input-file、threads，输出参数为output-dir，则镜像启动命令如下所示。

使用-t命令，指定运行所需的线程数量。-o命令，指定存放输出结果的文件夹。输入文件夹已在填写参数时指定。
```
fastqc -t ${threads} -o ${output-dir} ${input-file}
```
选择“X86”CPU架构，CPU需求建议0.2起。GPU类型选择“无”。
按需填写内存大小，单位为GB。FastQC运行中所需内存大小依赖于输入数据大小，建议至少1GB。
图3 CPU、内存、GPU
填写参数。
1. 通过阅读FastQC命令说明，了解命令。
  图4 FastQC命令
2. 填写所需的输入参数。
  图5 输入参数
1. 填写所需的输出参数。
  因镜像启动命令中指定了输出参数，设置输出参数时，需勾选“必传”，并填写“默认值”。例如，输出结果默认存放在fastqc_output文件夹中。
  图6 输出参数
单击“立即创建”，完成fastqc应用的创建。
创建完成后的应用，将显示在应用列表中，您可以使用该应用创建分析作业。

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