医疗智能体 EIHEALTH-如何将生物信息学软件封装为镜像并上传？:步骤2：制作镜像

时间：2024-07-03 11:01:34

医疗智能体 EIHEALTH 镜像

步骤2：制作镜像

方法1：直接下载官方的FastQC镜像。

执行如下命令下载FastQC镜像。

docker pull biocontainers/fastqc:v0.11.5

方法2：通过Dockerfile制作FastQC镜像。

执行vi Dockerfile命令，进入Dockerfile文件中，编写文件。

FROM ubuntu:16.04
# FastQC依赖java运行，需安装java环境。安装执行下载、解压缩的软件包
RUN apt-get update && apt-get upgrade -y \
    && apt-get install -y default-jre perl wget zip
# 下载FastQC，解压缩，设置FastQC可执行权限
RUN wget https://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/fastqc_v0.11.5.zip \
    && unzip fastqc_v0.11.5.zip \
    && rm fastqc_v0.11.5.zip \
    && chmod +x /FastQC/fastqc
# 将FastQC添加到环境变量中
ENV PATH "/FastQC:$PATH

按Esc键，并执行:wq退出Dockerfile。
制作镜像。
```
docker build -t fastqc:v0.11.5 .
```
详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考。