医疗智能体 EIHealth-方式3：自定义镜像运行FastQC流程:步骤1：新建fastqc镜像

时间：2023-11-01 16:18:54

医疗智能体 EIHealth

在linux环境上配置docker环境。

curl -fsSL get.docker.com -o get-docker.shsh get-docker.sh

配置完成后，运行docker命令，可查看docker的信息。
图1 docker信息
构建fastqc镜像。
- 可以在dockerhub官网上进行搜索，选择出对应的名称与版本。
- 可以使用docker search fastqc命令进行搜索镜像。
- 若dockerhub上没有想要的镜像，可以利用基础的操作系统镜像进行构造，构造方式请参见用户指南。
选择和获取镜像。
搜索到的镜像列表中选择一个fastqc镜像进行pull，这里我们选择pegi3s/fastqc。
pull镜像。
若该镜像没有lastest版本则需进入dockerhub官网进行查询。
查看镜像是否pull成功。
用docker images命令查看镜像是否pull成功。如果您本地已经有很多镜像，防止查询出全部镜像，可在docker images命令后面添加 | grep pegi3s使查询更精准。
查询fastqc软件命令。非常熟悉fastqc软件则可跳过此步骤。
复制上一步查找到的fastqc的id。利用docker run imagesId fastqc --help命令进行查询。fastqc --help可以替换成任何fastqc的命令，与linux类似。