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  • 虚拟药物筛选功能 医疗智能体 平台支持根据靶点蛋白和小分子药物的3D结构,计算蛋白与药物之间的结合能量,进而预测小分子是否有成为候选药物的可能性。 虚拟药物筛选可实现如下功能。 整合分子对接结果,生成结合能矩阵。 整合受体与分子对接产生的配体构象,用于可视化展示。 对配体分子进行注释,包括DrugBank编号、分类、化学式、X LOG P3、TPSA、靶点、Csp3比例、分子量、可旋转键数目。 功能演示请参见视频帮助。
  • 新型冠状病毒(COVID-19)虚拟药物筛选 新型冠状病毒(COVID-19)的出现在全球范围影响了人类健康,寻找有效治愈新冠肺炎的治疗方式是临床医生和药物研发人员最紧迫的工作。 为了全面、系统地评估药物对新冠病毒所有靶点蛋白的结合情况,华为云EI医疗智能体团队与华中科技大学同济医学院基础医学院、华中科技大学同济医学院附属武汉儿童医院、西安交通大学第一附属医院、中科院北京基因组研究所迅速成立联合团队,从新冠病毒蛋白序列开始,针对所有21个靶点蛋白进行同源建模、分子动力学模拟优化,获取靶点蛋白的3D结构,对超过8500个已上市、进入临床的小分子药物进行了约18万种药物-靶点配对情况的计算评估,让研究人员可以同时从21个蛋白的角度,综合、无偏地评估药物效果,从而为后续的药物机制研究、临床试验提供线索。 本案例介绍如何使用EIhealth平台虚拟药物筛选功能复现上述研究成果(https://doi.org/10.1021/acs.jcim.0c00821),并搭建虚拟药物筛选数据库。
  • 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限, 获取Token 接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String study名称 最小长度:1 最大长度:64 description 否 String study描述 最小长度:0 最大长度:1024
  • 请求示例 创建药筛study,指定名称和描述 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/studies { "name" : "demo-study", "description" : "this is a demo study" }
  • URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/studies 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
  • 响应示例 状态码: 200 OK { "maximum" : { "value" : 17, "row_number" : 102, "column_name" : "Mpro", "row_name" : "AZD-5991" }, "minimum" : { "value" : 17, "row_number" : 102, "column_name" : "Mpro", "row_name" : "AZD-5991" } }
  • 响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数 参数类型 描述 maximum ExtremumDto object study作业最值信息 minimum ExtremumDto object study作业最值信息 表4 ExtremumDto 参数 参数类型 描述 value Double 最值 row_number Long 最值所在的行数 column_name String 最值所在的列名 row_name String 最值所在的行名
  • URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/studies/{study_id}/jobs/{job_id}/extremum 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 study_id 是 String study_id 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String study作业id 最小长度:1 最大长度:128
  • URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/studies/{study_id}/jobs/{job_id}/3d-structure 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 study_id 是 String study_id 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String study作业id 最小长度:1 最大长度:128 表2 Query参数 参数 是否必选 参数类型 描述 ligand 是 String 配体名称 最小长度:1 最大长度:200 receptor 是 String 受体名称 最小长度:1 最大长度:200
  • URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/studies/{study_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 医疗智能体平台项目ID,您可以在 EIHealth 平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看“项目编号”“项目编号”。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 study_id 是 String study_id 最小长度:1 最大长度:128