Nextflow-华为云

医疗智能体 EIHEALTH-安装/卸载Nextflow:安装Nextflow

安装Nextflow Nextflow需要用户自己进行安装，安装的权限只有管理员拥有。在平台右上角用户名中选择“系统设置”。在“Nextflow配置”模块，单击“安装”。图1 安装Nextflow 选择安装方式。目前支持GitHub获取和上传安装包两种方式。 GitHub获取：可以选择版本，目前支持选择的安装包版本v22.10.6，v22.10.0，v22.04.0。上传安装包：用户直接上传一个Nextflow的安装包。如果选择此方式，您可以单击“点击此处”进入nextflow release进行下载安装包。图2 选择安装方式单击“开始安装”。

医疗智能体 EIHEALTH Nextflow

医疗智能体 EIHEALTH-获取任务信息:命令示例

命令示例获取task列表 health nextflow get task -j "7991e0b4-bffe-4166-ac2e-45a261592dcc" { "tasks": [ { "task_id": "1", "process": "readfile", "hash": "f2/a0f16c", "status": "RUNNING", "container": "swr.xxx/eihealth-0659ea54-5ae6-4e9d-b014-a2b041a26f62/admet:2.0.0.1659942728536", "pod_name": "nf-f2a0f16c66bbe8e28824e8ccabbddd25", "submit": "2023-03-09T08:50:37Z" } ], "count": 1 } 获取task详情 health nextflow get task 1 -j "7991e0b4-bffe-4166-ac2e-45a261592dcc" { "id": "1", "command": "\n echo /test;sleep 1000;echo \"end /test\";\n ", "status": "RUNNING", "exit": 2147483647, "work_dir": "/nextflow/__nextflow_work__/e6dcd289-dadb-48d9-b53b-e0c6c256932e/mb79e5e6-1b14-41b4-ac3b-e8fb0122d64d/f2/a0f16c66bbe8e28824e8ccabbddd25", "module": [], "container": "swr.xxx/eihealth-0659ea54-5ae6-4e9d-b014-a2b041a26f62/admet:2.0.0.1659942728536", "attempt": 1, "execution_time": { "submit": "2023-03-09T08:50:37Z", "start": "2023-03-09T08:50:40Z" }, "resource_requested": { "container": "swr.xxx/eihealth-0659ea54-5ae6-4e9d-b014-a2b041a26f62/admet:2.0.0.1659942728536", "cpus": 1 }, "resource_usage": {} } 获取task日志 health nextflow get task 1 -j "7991e0b4-bffe-4166-ac2e-45a261592dcc" -t logs { "count": 1, "logs": [ "2023-03-09T08:50:44Z /test\n" ] }

医疗智能体 EIHEALTH Nextflow作业管理命令

医疗智能体 EIHEALTH-获取流程详情:响应示例

响应示例状态码： 200 OK { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "demo-workflow", "description" : "description", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "update_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "workflow_file" : "workflow.zip", "workflow_file_url" : "https://workflow.zip", "main_file" : "main.nf", "params_file" : "p1.yaml", "source_project_name" : "src", "source_resource_id" : "src-id", "params" : [ { "name" : "p1", "value" : "hello", "type" : "Other", "description" : "desc", "required" : true } ] }

医疗智能体 EIHEALTH Nextflow流程管理

医疗智能体 EIHEALTH-获取流程详情:响应参数

响应参数状态码： 200 表3 响应Body参数参数参数类型描述 id String 流程id name String 流程名称 description String 流程描述 labels Array of strings 流程标签 workflow_file String 流程的文件名 workflow_file_url String 流程的文件名下载地址 main_file String 主文件名 params_file String 用户上传时使用的参数文件名 params Array of NextflowParamsDto objects 流程参数列表 create_time String 流程的创建时间 update_time String 流程的更新时间 source_project_name String 源项目名称 source_resource_id String 源资源id 表4 NextflowParamsDto 参数参数类型描述 name String 参数名最小长度：1 最大长度：1024 value String 参数值最小长度：0 最大长度：65535 type String 参数类型,取值[Other|File|Directory] 最小长度：0 最大长度：20 description String 参数描述。取值范围：[0-255] 最小长度：0 最大长度：255 required Boolean 参数是否必填

医疗智能体 EIHEALTH Nextflow流程管理

医疗智能体 EIHEALTH-获取流程详情:URI

URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/nextflow/workflows/{workflow_id} 表1 路径参数参数是否必选参数类型描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID，您可以在平台单击所需的项目名称，进入项目设置页面查看。最小长度：1 最大长度：128 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。最小长度：1 最大长度：128 workflow_id 是 String 流程id 最小长度：1 最大长度：128

医疗智能体 EIHEALTH Nextflow流程管理

医疗智能体 EIHEALTH-获取Nextflow作业日志:响应示例

响应示例状态码： 200 OK { "count" : 1, "logs" : [ "Nextflow log" ], "download_url" : "https://nextflow-cn-north-4-07d79450.obs.cn-north-4.ulanqab.huawei.com/__nextflow_run__/xxx-xxx-xxx/xx-xxxx-xxxxx/DAG.png?AccessKeyId=ABCDE&Expires=1676759470&Signature=DDDDD" }

医疗智能体 EIHEALTH Nextflow作业管理

医疗智能体 EIHEALTH-获取Nextflow作业日志:URI

URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/nextflow/jobs/{job_id}/logs 表1 路径参数参数是否必选参数类型描述 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID，您可以在平台单击所需的项目名称，进入项目设置页面查看。最小长度：1 最大长度：128 job_id 是 String 作业id 最小长度：1 最大长度：128

医疗智能体 EIHEALTH Nextflow作业管理

医疗智能体 EIHEALTH-安装Nextflow:请求示例

请求示例安装Nextflow，指定Nextflow版本为1.0.0 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/nextflow/engines { "version" : "1.0.0" } 安装Nextflow，上传本地名为test.txt的Nextflow文件 { "total_part" : 1, "part_number" : 1, "file_name" : "test.txt", "file" : "(binary)", "multipart_id" : "0000018615613ADF4014668067FBD6A7" }

医疗智能体 EIHEALTH Nextflow引擎生命周期管理

医疗智能体 EIHEALTH-安装Nextflow:请求参数

请求参数表2 请求Header参数参数是否必选参数类型描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token 接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。最小长度：1 最大长度：32768 表3 FormData参数参数是否必选参数类型描述 file 否 File 文件流对象 part_number 否 Integer 分段序号，表示第几个文件片段最小值：1 最大值：128 缺省值：1 total_part 否 Integer 分段总数，上传的文件总共分成了几个片段最小值：1 最大值：128 缺省值：1 multipart_id 否 String 分段上传任务id，除了第一个片段外，后续的片段都需要标识出任务id 最小长度：1 最大长度：128 file_name 否 String 文件名称最小长度：1 最大长度：100 version 否 String 版本号最小长度：1 最大长度：50

医疗智能体 EIHEALTH Nextflow引擎生命周期管理

医疗智能体 EIHEALTH-获取Nextflow任务日志:URI

URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/nextflow/jobs/{job_id}/tasks/{task_id}/logs 表1 路径参数参数是否必选参数类型描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID，您可以在平台单击所需的项目名称，进入项目设置页面查看。最小长度：1 最大长度：128 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。最小长度：1 最大长度：128 job_id 是 String 作业id 最小长度：1 最大长度：128 task_id 是 String 任务id 最小长度：1 最大长度：128

医疗智能体 EIHEALTH Nextflow任务管理

医疗智能体 EIHEALTH-获取Nextflow任务日志:响应示例

响应示例状态码： 200 OK { "count" : 1, "logs" : [ "Nextflow task log" ], "download_url" : "https://nextflow-cn-north-4-07d79450.obs.cn-north-4.ulanqab.huawei.com/__nextflow_run__/xxx-xxx-xxx/xx-xxxx-xxxxx/DAG.png?AccessKeyId=ABCDE&Expires=1676759470&Signature=DDDDD" }

医疗智能体 EIHEALTH Nextflow任务管理

医疗智能体 EIHEALTH-获取Nextflow作业详情:响应示例

响应示例状态码： 200 OK { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "demo-job", "description" : "description", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "status" : "COMPLETED", "has_ignore_failed_tasks" : false, "create_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "workflow_name" : "demo-workflow", "workflow_id" : "56e0f1b0-ac10-46a5-8fa7-b26831d7d488", "command_line" : "nextflow run main.nf", "params" : [ { "name" : "p1", "value" : "hello", "type" : "Other", "description" : "desc", "required" : true } ], "config_files" : [ "nextflow.config" ], "config_context" : "config content" }

医疗智能体 EIHEALTH Nextflow作业管理

医疗智能体 EIHEALTH-获取Nextflow作业详情:URI

URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/nextflow/jobs/{job_id} 表1 路径参数参数是否必选参数类型描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID，您可以在平台单击所需的项目名称，进入项目设置页面查看。最小长度：1 最大长度：128 job_id 是 String 作业id 最小长度：1 最大长度：128 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。最小长度：1 最大长度：128

医疗智能体 EIHEALTH Nextflow作业管理

医疗智能体 EIHEALTH-删除流程:URI

URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/nextflow/workflows/{workflow_id} 表1 路径参数参数是否必选参数类型描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID，您可以在平台单击所需的项目名称，进入项目设置页面查看。最小长度：1 最大长度：128 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。最小长度：1 最大长度：128 workflow_id 是 String 流程id 最小长度：1 最大长度：128

医疗智能体 EIHEALTH Nextflow流程管理

医疗智能体 EIHEALTH-获取task详情:响应示例

响应示例状态码： 200 OK { "id" : "1", "command" : "printf 'Hello World!' | split -b 6 - chunk_\n echo 'Hello World!'", "status" : "COMPLETED", "exit" : 0, "work_dir" : "/nextflow/__nextflow_work__/a49cd176-c35a-4e27-b287-659a7de1b9d9/c75e9b6b-c719-40cc-a77a -772a367b3068/bf/96d1bcb452ae0b420c74965b3b770d", "module" : [ ], "container" : "100.79.1.215:20202/hwofficial/coredns:1.23.2", "attempt" : 1, "execution_time" : { "submit" : "2023-03-15T07:43:51Z", "start" : "2023-03-15T07:43:52Z", "complete" : "2023-03-15T07:43:54Z", "duration" : 2445, "realtime" : 588 }, "resource_requested" : { "container" : "100.79.1.215:20202/hwofficial/coredns:1.23.2", "cpus" : 1 }, "resource_usage" : { "cpu_percent" : 1.7, "mem_percent" : 0, "rchar" : 44191, "wchar" : 244, "read_bytes" : 4096, "write_bytes" : 0, "vmem" : 3735552, "rss" : 2658304, "peak_vmem" : 3735552, "peak_rss" : 2658304, "syscr" : 125, "syscw" : 16, "vol_ctxt" : 6, "inv_ctxt" : 0 } }

医疗智能体 EIHEALTH Nextflow任务管理

云服务器内容精选

Nextflow

7*24

备案

专业服务

退订

建议反馈

售前咨询热线