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高性能计算 HPC-HPC断点续算计算方案:步骤1 安装FFTW

步骤1 安装FFTW 依次执行以下命令，安装FFTW软件。 yum install gcc-gfortran gcc-c++ wget http://www.fftw.org/fftw-3.3.8.tar.gz export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/mpi/gcc/openmpi-2.1.2a1/lib64/ export PATH=/usr/mpi/gcc/openmpi-2.1.2a1/bin:$PATH tar -zxvf fftw-3.3.8.tar.gz cd fftw-3.3.8/ ./configure --prefix=/opt/fftw CC=gcc MPICC=mpicc --enable-mpi --enable-openmp --enable-threads --enable-avx --enable-shared make && make install

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高性能计算 HPC-HPC断点续算计算方案:步骤3 配置lammps

步骤3 配置lammps 算例输入文件。以melt为例，生成一个算例melt.in文件。设置每迭代100步生成一个checkpoint文件，假定该文件存放在共享目录“/share”中。内容如下： # 3d Lennard-Jones melt units ljatom_style atomic lattice fcc 0.8442region box block 0 20 0 20 0 20create_box 1 boxcreate_atoms 1 boxmass 1 1.0 velocity all create 1.44 87287 loop geom pair_style lj/cut 2.5pair_coeff 1 1 1.0 1.0 2.5 neighbor 0.3 binneigh_modify delay 5 every 1 fix 1 all nvedump 1 all xyz 100 /share/sample.xyzrun 10000 every 100 "write_restart /share/lennard.restart" 生成用于checkpoint续算的输入文件“melt.restart.in”，内容如下： # 3d Lennard-Jones melt read_restart /share/lennard.restartrun 10000 every 100 "write_restart /share/lennard.restart" 生成pbs作业脚本“job.pbs”，内容如下： #!/bin/sh#PBS -l ncpus=2#PBS -o lammps_pbs.log#PBS -j oe export PATH=/usr/mpi/gcc/openmpi-2.1.2a1/bin:$PATH export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/usr/mpi/gcc/openmpi-2.1.2a1/lib64/module if [ ! -e "/share/lennard.restart" ]; then echo "run at the beginning" mpiexec --allow-run-as-root -np 2 /share/lmp_mpi -in /share/melt.inelse echo "run from the last checkpoint" mpiexec --allow-run-as-root -np 2 /share/lmp_mpi -in /share/melt.restart.infi

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高性能计算 HPC-HPC断点续算计算方案:步骤5 提交作业，模拟计算中断，使用断点续算模式完成计算

步骤5 提交作业，模拟计算中断，使用断点续算模式完成计算模拟作业中断情况：提交作业后，通过关机计算节点的方式手动中断作业，查看中断前、后作业运行时间。执行以下命令，提交作业。 qsub job.pbs 作业运行1分30秒左右，关机作业运行的计算节点，模拟算例释放场景。执行以下命令，查看关闭计算节点后的作业信息。 qstat -f 作业ID 图4 中断前作业信息此时，pbs作业回到queued状态，等待可用的计算资源。开机2中关闭的计算节点，提供可用的计算资源。此时，pbs作业会继续进行。作业执行完成后，执行以下命令，查看作业信息。 qstat -f 作业ID 如图5所示，作业运行了3分03秒。由此可以看出，作业是从断点的位置进行续算的。图5 中断后运行作业信息

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高性能计算 HPC-HPC断点续算计算方案:步骤2 安装lammps

步骤2 安装lammps 依次执行以下命令，安装lammps。 yum install libjpeg-* yum install libpng12-* wget https://lammps.sandia.gov/tars/lammps-2Aug18.tar.gz tar -zxvf lammps-2Aug18.tar.gz cd lammps-2Aug18/src vi MAKE/Makefile.mpi 根据图1、图2，修改红框标识中的内容。其中，版本号需根据实际情况进行填写。只修改图1、图2中红框标识的内容。图1 修改Makefile文件01 图2 修改Makefile文件02 执行以下命令，编译lammps，并将当前目录生成的lmp_mpi文件拷贝至“/share”目录。 make mpi

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