靶点优化作业管理-华为云

医疗智能体 EIHealth-创建靶点优化作业:请求示例

请求示例创建靶点优化作业，作业名称为demo-job，受体文件为project:/dir/file，配体文件为project:/dir/file，时间步长为2fs，温度为300k，能量最小化步数为10000，nvt为200ps，npt为500ps，平衡步骤模拟时长为50ns。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/target-optimization { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "receptor" : { "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "balanced_charge" : true, "water_model" : "tip3p", "force_field" : "amber99sb", "ion_type" : "NaCl", "ion_concentration" : 0.15 }, "ligand" : { "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "force_field" : "gaff" }, "md_params" : { "timestep_size" : 2, "temperature" : 300, "step_params" : { "energy_minimization_steps" : 10000, "nvt" : 200, "npt" : 500, "simulation_time" : 50 } } }

医疗智能体 EIHealth 靶点优化作业管理

医疗智能体 EIHealth-创建靶点优化作业:响应示例

响应示例状态码： 201 CREATED 创建靶点优化作业成功。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" } 创建靶点优化作业成功，当前运行作业数已达配额限制，此作业会等待。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "limit_concurrency" : 50 }

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医疗智能体 EIHealth-创建靶点优化作业:请求参数

请求参数表2 请求Header参数参数是否必选参数类型描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token 接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。最小长度：1 最大长度：32768 表3 请求Body参数参数是否必选参数类型描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 receptor 是 TargetOptReceptor object 受体文件。 ligand 否 TargetOptLigand object 配体文件。 md_params 否 MdParam object MD参数配置。表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数是否必选参数类型描述 name 是 String 作业的名称，取值范围：[5,64]，允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。最小长度：5 最大长度：64 labels 否 Array of strings 标签，取值范围[0,5]，单个标签最大长度32字符，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。最小长度：1 最大长度：32 数组长度：0 - 5 upstream_job_info 否 String 上游作业信息。最小长度：1 最大长度：10240 表5 TargetOptReceptor 参数是否必选参数类型描述 file 是 ReceptorDrugFile object 受体文件。 balanced_charge 否 Boolean 是否平衡电荷。缺省值：true water_model 否 String 水模型, 支持选择spc, spce, tip3p, tip4p, tip5p。缺省值：tip3p force_field 否 String 蛋白立场，支持选择amber03, amber94, amber96, amber99, amber99sb, amber99sb-ildn, amberGS, charmm27, oplsaa, gromos43a1, gromos43a2, gromos45a3, gromos53a5, gromos53a6, gromos54a7。缺省值：amber99sb ion_type 否 String 离子种类，支持选择NaCl、MgCl2、None，若设置了平衡电荷不支持选择None。缺省值：NaCl ion_concentration 否 Float 离子浓度，单位mol/L，若离子种类设置为None离子浓度不支持设置。最小值：0 最大值：5.0 缺省值：0.15 表6 ReceptorDrugFile 参数是否必选参数类型描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如R CS B在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。最小长度：1 最大长度：2000 format 否 String 文件格式，仅支持PDB，仅数据源为RAW时提供。最小长度：1 最大长度：6 data 否 String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。最小长度：0 最大长度：10000000 表7 TargetOptLigand 参数是否必选参数类型描述 file 是 ProbeDrugFile object 配体文件。 force_field 否 String 配体力场, 支持选择gaff, gaff2。缺省值：gaff 表8 ProbeDrugFile 参数是否必选参数类型描述 source 是 String 受体的数据源：外部网络数据（如RCSB在线数据库）、用户私有数据中心、承载租户公共数据（含样例/公共库）。枚举值： EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL，当数据源为外部网络数据时为https地址；用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。最小长度：1 最大长度：2000 format 否 String 文件格式，支持PDB、SDF、MOL2，仅数据源为RAW时提供。最小长度：1 最大长度：6 data 否 String 文件原始数据，仅数据源为RAW时提供。最小长度：0 最大长度：10000000 表9 MdParam 参数是否必选参数类型描述 timestep_size 否 Float MD模拟的时间步长，单位fs，取值范围：大于0，小于等于5。最小值：0 最大值：5.0 缺省值：2 temperature 否 Float MD模拟的温度，单位K。最小值：0 最大值：1000.0 缺省值：300 step_params 否 MdStepParam object 计算步骤参数。表10 MdStepParam 参数是否必选参数类型描述 energy_minimization_steps 否 Integer 能量最小化的步骤。最小值：1 最大值：50000 缺省值：10000 nvt 否 Float 等温等体步骤模拟的时长，单位ps。最小值：0 最大值：1000.0 缺省值：200 npt 否 Float 等压等温步骤模拟的时长，单位ps。最小值：0 最大值：1000.0 缺省值：500 simulation_time 否 Float 平衡步骤模拟的时长，单位ns。最小值：0 最大值：50.0 缺省值：50

医疗智能体 EIHealth 靶点优化作业管理

医疗智能体 EIHealth-创建靶点优化作业:URI

URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/target-optimization 表1 路径参数参数是否必选参数类型描述 project_id 是 String 项目ID，您可以从获取项目ID中获取。最小长度：1 最大长度：128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。最小长度：1 最大长度：128

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