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  • 下载作业输出文件 在左侧导航栏中,选择“任务”,进入仿真任务管理页面。 在左侧仿真任务树中,选择待操作的仿真作业的所属的仿真任务。 在右侧的仿真作业列表中,选择需要下载输出文件的仿真作业,单击作业名称进入作业详情页面。 在作业详情页面的左侧“输出文件”区域,可单个或批量下载作业输出文件到本地。 单个下载 在输出文件列表中,选择需要下载的输出文件,单击“操作”列的“下载”。 批量下载 在输出文件列表中,勾选需要下载的输出文件,单击列表上方的“下载”。 图2 下载输出文件
  • 删除作业输出文件 在左侧导航栏中,选择“任务”,进入仿真任务管理页面。 在左侧仿真任务树中,选择待操作的仿真作业的所属的仿真任务。 在右侧的仿真作业列表中,选择需要删除输出文件的仿真作业,单击作业名称进入作业详情页面。 在作业详情页面的左侧“输出文件”区域,可单个或批量删除作业输出文件到本地。 单个删除 在输出文件列表中,选择需要删除的输出文件,单击“操作”列的“删除”。 在弹出的提示框中,单击“确定”。 批量删除 在输出文件列表中,勾选需要删除的输出文件,单击列表上方的“删除”。 在弹出的提示框中,单击“确定”。 图3 删除输出文件
  • LauncherJob作业执行失败,报错信息为“jobPropertiesMap is null”如何处理? 问: Launcher作业失败的,提示原因为:提交作业用户无“hdfs /mrs/job-properties”目录的写权限如何处理? 答: 该问题已在 MRS 2.1.0.6的补丁中修复,也可通过在MRS Manager页面给同步的提交作业用户赋予该目录“/mrs/job-properties”的写入权限进行处理。 父主题: 作业管理类
  • 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。 Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限, 获取Token 接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 作业基本信息。 file 是 ClusteringDrugFile object 分子文件。 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称,取值范围:[5,64],允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度:5 最大长度:64 labels 否 Array of strings 标签,取值范围[0,5],单个标签最大长度32字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 最小长度:1 最大长度:32 数组长度:0 - 5 upstream_job_info 否 String 上游作业信息。 最小长度:1 最大长度:10240 表5 ClusteringDrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为用户私有数据中心为项目路径,为公共数据场景时为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,支持SMI,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data 否 String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000
  • 响应示例 状态码: 201 CREATED 创建聚类分析作业成功。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" } 创建聚类分析作业成功,当前运行作业数已达配额限制,此作业会等待。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "limit_concurrency" : 50 }
  • 请求示例 创建聚类分析作业,输入方式为分子文件,作业名称为demo-job。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/{job_id}/clustering { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" } }
  • URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/clustering 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度:1 最大长度:128
  • URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/auto-jobs 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128
  • 请求示例 创建自动作业,自动作业名称为demo-auto-job,使用如下数据库,使用数据库列为user_name。 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/auto-jobs{ "name" : "demo-auto-job", "description" : "description", "database_id" : "2adc4b5fbeeb4a518f177167074a5fb2", "database_column" : "user_name", "database_column_type" : "NEW", "clean_database_column" : false, "database_trigger" : [ { "name" : "status", "judge_mode" : "gte", "value" : "100" } ], "tool_id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "tool_type" : "workflow", "job_name" : "demo-job", "job_name_type" : "AUTO", "job_description" : "description", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "priority" : 0, "timeout" : 1440, "output_dir" : "/job", "output_dir_type" : "MANUAL", "node_labels" : [ "health.node" ], "io_acc_id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "tasks" : [ { "task_name" : "app1-1", "inputs" : [ { "name" : "dir-parameter", "source" : "MANUAL", "values" : [ "/test" ] } ], "resources" : { "cpu" : "1C", "cpu_type" : "X86", "memory" : "1G", "gpu_type" : "GPU", "gpu" : "0" }, "io_acc_type" : "SFS" } ]}
  • 响应示例 状态码: 201 CREATED { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "app_infos" : [ { "app_id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "app_name" : "demo-app", "app_version" : "1.0.0", "app_node_labels" : [ "health.node" ] } ], "job_info" : { "job_name" : "demo-job", "job_node_labels" : [ "health.node" ] }}
  • 请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 receptors 是 Array of CpiReceptor objects 受体文件列表。 数组长度:1 - 100 ligands 是 Array of MoleculeFileDto objects 小分子。 数组长度:1 - 1 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称,取值范围:[5,64],允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度:5 最大长度:64 labels 否 Array of strings 标签,取值范围[0,5],单个标签最大长度32字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 最小长度:1 最大长度:32 数组长度:0 - 5 upstream_job_info 否 String 上游作业信息。 最小长度:1 最大长度:10240 表5 CpiReceptor 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如R CS B在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,仅支持FASTA,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data 否 String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 fasta_count 否 Integer fasta文件中氨基酸数量。 最小值:1 最大值:100 表6 MoleculeFileDto 参数 是否必选 参数类型 描述 file 是 MoleculeFile object 分子文件。 count 是 Integer 分子个数。 最小值:1 最大值:1000000 表7 MoleculeFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 文件来源,支持用户私有数据中心、公共数据和源数据。 最小长度:1 最大长度:8 url 否 String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data 否 String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000
  • 请求示例 创建CPI作业,作业名称为demo-job, 受体文件为project:/dir/file, 配体文件为project:/dir/file。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/cpi { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "receptors" : [ { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" } ], "ligands" : [ { "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "count" : 10000 } ] }
  • URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/cpi 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度:1 最大长度:128
  • 响应示例 状态码: 201 CREATED 创建CPI作业成功。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" } 创建CPI作业成功,当前运行作业数已达配额限制,此作业会等待。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "limit_concurrency" : 50 }
  • 请求示例 创建分子对接作业,作业名称为demo-job, 受体文件为project:/dir/file,口袋中心位置的值为[0,0,0],口袋尺寸大小为[10,10,10],去除受体的水分子。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/docking{ "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "receptors" : [ { "receptor" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "bounding_box" : { "center" : [ 0, 0, 0 ], "size" : [ 10, 10, 10 ] }, "remove_water" : true, "remove_ion" : false, "remove_ligand" : false } ], "ligands" : [ { "ligand" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "count" : 100 } ]}