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Nextflow作业管理

医疗智能体 EIHealth-创建nextflow作业:请求参数

请求参数表2 请求Header参数参数是否必选参数类型描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头，从而通过身份认证，获得操作API的权限，获取Token 接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。最小长度：1 最大长度：32768 表3 FormData参数参数是否必选参数类型描述 name 是 String 作业的名称，取值范围：[1,63]，允许大小写字母、数字、以及特殊字符中划线(-) 最小长度：1 最大长度：63 description 否 String 作业的描述,取值范围：输入字符最大长度为255 最小长度：0 最大长度：255 labels 否 Array of strings 作业标签，取值范围[0,5]，单个标签最大长度32字符，支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线，且不能以空格开头或者结尾。最小长度：1 最大长度：32 数组长度：0 - 5 workflow_id 是 String 作业依赖的流程id 最小长度：0 最大长度：135 params 否 File 流程参数列表文件，取值范围[0, 10M] priority 否 Integer 作业的优先级,取值范围[0,9]，0最低，默认数值0 最小值：0 最大值：9 缺省值：0

医疗智能体 EIHealth Nextflow作业管理
医疗智能体 EIHealth-创建nextflow作业:URI

URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/nextflow/jobs 表1 路径参数参数是否必选参数类型描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID，您可以在平台单击所需的项目名称，进入项目设置页面查看。最小长度：1 最大长度：128 project_id 是 String 华为云项目ID，您可以从获取项目ID中获取。最小长度：1 最大长度：128

医疗智能体 EIHealth Nextflow作业管理
医疗智能体 EIHealth-创建nextflow作业:请求示例

请求示例创建Nextflow作业，作业名为demo-job，指定id为caadcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1的流程 https://eihealth.cn-north-4.myhuaweicloud.com/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/nextflow/jobs{ "name" : "demo-job", "description" : "description", "labels" : "labelA,labelB", "workflow_id" : "caadcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1"}

医疗智能体 EIHealth Nextflow作业管理
医疗智能体 EIHealth-获取任务信息:命令示例

命令示例获取task列表 health nextflow get task -j "7991e0b4-bffe-4166-ac2e-45a261592dcc"{ "tasks": [ { "task_id": "1", "process": "readfile", "hash": "f2/a0f16c", "status": "RUNNING", "container": "swr.xxx/eihealth-0659ea54-5ae6-4e9d-b014-a2b041a26f62/admet:2.0.0.1659942728536", "pod_name": "nf-f2a0f16c66bbe8e28824e8ccabbddd25", "submit": "2023-03-09T08:50:37Z" } ], "count": 1} 获取task详情 health nextflow get task 1 -j "7991e0b4-bffe-4166-ac2e-45a261592dcc"{"id": "1","command": "\n echo /test;sleep 1000;echo \"end /test\";\n ","status": "RUNNING","exit": 2147483647,"work_dir": "/nextflow/__nextflow_work__/e6dcd289-dadb-48d9-b53b-e0c6c256932e/mb79e5e6-1b14-41b4-ac3b-e8fb0122d64d/f2/a0f16c66bbe8e28824e8ccabbddd25","module": [],"container": "swr.xxx/eihealth-0659ea54-5ae6-4e9d-b014-a2b041a26f62/admet:2.0.0.1659942728536","attempt": 1,"execution_time": {"submit": "2023-03-09T08:50:37Z","start": "2023-03-09T08:50:40Z"},"resource_requested": {"container": "swr.xxx/eihealth-0659ea54-5ae6-4e9d-b014-a2b041a26f62/admet:2.0.0.1659942728536","cpus": 1},"resource_usage": {}} 获取task日志 health nextflow get task 1 -j "7991e0b4-bffe-4166-ac2e-45a261592dcc" -t logs{ "count": 1, "logs": [ "2023-03-09T08:50:44Z /test\n" ]}

医疗智能体 EIHealth Nextflow作业管理命令