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  • 更多操作 规则创建后,您还可以对规则进行以下操作。 表2 相关操作 操作名称 操作步骤 启用规则 在规则列表,单击待启用的规则所在行“启用状态”列的,当显示为时,表示启用成功。 禁用规则 在规则列表,单击待禁用的规则所在行“启用状态”列的,当显示为时,表示禁用成功。 规则禁用后将不可用。 编辑规则 在规则列表,单击待编辑规则所在行“操作”列的“编辑”。 删除规则 在规则列表,单击待删除规则所在行“操作”列的“删除”。
  • URI DELETE /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/nextflow/workflows/{workflow_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID,您可以在平台单击所需的项目名称,进入项目设置页面查看。 最小长度:1 最大长度:128 project_id 是 String 华为云项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 workflow_id 是 String 流程id 最小长度:1 最大长度:128
  • 运行流程 您可以运行示例流程进行分析,也可以使用自定义流程进行分析。 登录G CS 控制台,选择左侧导航栏的“基因分析”,选择“示例流程”或“自定义流程”。 在右侧页面中单击“开始分析”,按界面提示填写流程参数。 流程参数中包括“任务信息”、“配置”和“高级设置”。 任务信息:包括任务名称、环境和存储选择。“高速共享存储”对应的是文件存储服务SFS,用于存储流程中间数据。如果您已有可用的SFS,请在下拉框中选择。如果没有SFS,请“新建存储”,并选择容量大小。 图1 任务信息 配置:包括“通用配置”和“高级配置”,请根据界面提示信息完成参数配置。其中“通用配置”中的参数为必配项,需要根据您项目的实际情况修改。“高级配置”可以保留默认值,或根据您的需求修改。您还可以执行“导入参数集”、将参数“保存到参数集”、新建/删除任务等操作。 图2 配置 高级设置:可选项,包括“超时时间”、“批次名称”、“优先级”、“订阅 消息通知 ”、“镜像拉取策略”和“重试次数”。 超时时间:设置一个可接受的流程执行成功的时间,如果到这个时间流程没有执行成功,就会停止并且报执行失败。 批次名称:设置当前任务的批次,在执行结果页面可对批次进行过滤和筛选,便于批量操作同一个批次的任务。 优先级:设置当前任务优先级,优先级范围为[0-999],数值大的优先执行。 订阅消息通知:订阅者可通过此功能在接收终端收到所订阅的任务事件通知消息(目前仅支持单个任务消息订阅)。订阅消息通知开启后,可勾选订阅事件(任务执行成功、任务执行失败)、添加订阅终端(短信或邮箱,最多可添加20个订阅终端)。 图3 添加订阅终端 添加订阅终端后,可选择设置自定义消息模板。模板内容默认为空,最多可包含360个字符(中文字默认为3个字符,空格为1个字符)。模板中可使用占位符,{name}、{guid}、{status}占位符分别对应执行任务的名称、ID、状态,每个占位符最多使用一次,不支持其他字符写成占位符格式。 模板内容示例:任务{name},executionID为{guid},任务执行状态为{status}。 消息内容示例:任务gcs-job-02-19-141146,executionID为6745c000-340d-11e9-a8c0-0255ac109xxx,任务执行状态为Succeeded。 图4 自定义消息模板 镜像拉取策略:使用上次已拉取镜像(只有镜像不存在时,才会进行镜像拉取)、每次重新拉取(不管镜像是否存在都会进行一次拉取)。 重试次数:任务失败重试次数,重试次数范围为[0-9],CCI环境默认重试0次,CCE环境默认重试3次。 单击“下一步”。在“执行预览”页面,查看流程预览、执行任务预览和配置。 确认无误后单击“开始”,流程执行任务提交成功。 分析流程执行时间需要数小时,具体时长与环境资源类型、环境资源大小、处理数据大小等相关,您可以单击“执行结果详情”进入执行结果页面查看执行过程。
  • 查看流程 您可以查看示例流程和自定义流程的信息和预览图等。 登录GCS控制台,选择左侧导航栏的“基因分析”,选择“示例流程”或“自定义流程”。 在右侧页面中单击流程的名称,进入流程详情页面,该页面展示了流程的基本信息(发布者、创建时间及描述)、流程预览图(预览图仅支持通过设计器生成的流程)、最近执行结果,如图5。 图5 流程信息、预览图、最近执行结果 单击“包含工具”页签,可查看流程包含的工具。 图6 包含工具 单击“资源统计”页签,可查看资源统计图,包括耗时、运行时间占比、内存消耗、CPU消耗、GPU消耗等。 耗时:所有子任务实际运行时间与调度时间总和。 运行时间占比:所有子任务实际运行时间总和与耗时之比。 图7 资源统计 在流程详情页面,您还可以做如下操作: 分析:单击“分析”,将跳转到运行流程页面,运行流程操作请参考运行流程。 下载:单击“下载”,将流程的模板文件下载到本地。 更新:仅自定义流程支持更新操作。单击“更新”,可以通过上传本地流程模板更新流程 LOG O、流程文件和流程描述,也可以通过流程设计器更新流程。 删除:仅支持自定义流程删除操作。单击“删除”,删除当前流程。删除操作无法恢复,请谨慎操作。 设计器打开:单击“设计器打开”,在设计器中查看、修改流程。
  • 请求说明 表1 请求头参数 序号 名称 参数类型 是否必选 说明 1 X-APP-Key string False appKey字段,用户标识,请联系运营人员获取appKey 2 Authorization string True 鉴权字段,内容格式为: Bearer +tokenByAKSK接口的返回值中AccessToken(Bearer后有空格) 表2 请求体参数 序号 名称 参数类型 是否必选 说明 1 requestBody object True 请求入参 1.1 callId string True 通话标识callId 1.2 beginTime number True 评价开始时间,毫秒级别Timestamp时间戳类型 1.3 endTime number True 评价结束时间,毫秒级别Timestamp时间戳类型
  • 报文样例 请求头: Content-Type:application/jsonAuthorization:Bearer XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX-APP-Key:XXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXXX 请求参数: { "callId": "1647265024-xxxx", "beginTime": 1647265028000, "endTime": 1647265029000 } 响应参数: { "returnCode": "0", "satisfactionEvaluations": { "channel": "audio", "evaluationValue": "5", "evaluationTime": 1647265028000 }, "description": " query Success"}
  • 响应说明 响应状态码: 200 表3 响应体参数 序号 名称 参数类型 是否必选 说明 1 schema object True - 1.1 returnCode string True 结果返回码,0表示查询成功,-1表示查询失败,description表示失败具体原因 1.2 description string True 结果返回描述 1.3 satisfactionEvaluations object True 满意度评价 1.3.1 evaluationValue string False 满意度评价,为满意度等级配置的字典key值。 “1”表示“很不满意”, “2”表示“不满意”, “3”表示“一般”, “4”表示“满意”, “5”表示“很满意” “-1”表示“超时未回复”,指用户收到满意度评价后,评价超时, “-2”表示“评价错误”指用户回复的满意度,不在满意度配置的按键值中。 1.3.2 channel string False 渠道: audio表示音频渠道,MSG表示短信,WEB表示网页文字交谈渠道 1.3.3 evaluationTime number False 评价时间,毫秒级别Timestamp时间戳类型 响应状态码: 400 错误的请求:请检查请求路径及参数。 响应状态码: 401 未授权:1. 请确认是否购买了相关服务。 2. 请联系客服人员检查您账号的当前状态。 响应状态码: 404 请求的内容未找到:请检查请求的路径。 响应状态码: 500 业务失败:请依次确认您请求中各参数的取值。
  • 流程设计 事件流程新建后设计需要的流程节点,后续事件处理根据此流程进行。 开始图元作为起始,结束图元作为完成,在中间添加功能节点和审核节点,按住鼠标左键可以拖动图元到画布中。 鼠标不按住放在图元上,图元的四周会出现连线锚点,选中锚点按住鼠标左键移动可以连线到其他图元。 双击功能节点或者审核节点图元可以编辑图元名称。 点击审核连出的连线可以选择类型是通过还是驳回。 图2 流程设计 完成后点击【提交】。 提交事件流程成功后,系统会根据功能节点和审核节点自动生成对应的服务和用户组。
  • 命令示例 health nextflow create workflow -n h2 -w "D:\testzip.zip" -d "h test" -l "a,b" -m "m.nf" -p "D:\param1.json"{ "id": "5b5cd09c-bc14-11ed-b7f6-fa163e504fdd"}create nextflow workflow h2 successful
  • 命令示例 本节以Windows为例介绍eihealth-toolkit的使用过程,Linux和macOS环境使用方法基本相同,可参考。 使用health get workflow -s命令获取模板,详细的模板介绍和使用请参见获取流程模板。 使用health get workflow命令查询指定的流程信息。 health get workflow 550e8400-e29b-41d4-a716-446655440000health get workflow workflow-name:versionworkflow: id: 3a7fa782-5bcb-11eb-9fef-fa163ef9b34d name: lk-workflow-0121 version: 1.0.0 summary: SDFDSF description: SDFDSFDSF labels: - SDFSDF timeout: 1440 output_dir: /lk-workflow-0121 tasks: - task_name: task-1-lk-app-0121 app_id: f165b7a6-5bc9-11eb-9fef-fa163ef9b34d name: "" resources: cpu: 0.1C memory: 0.1G gpu_type: "" gpu: "0" inputs: - name: input1 values: - ${task-2-lk-app-0121.output1} output_dir: /sdsd - task_name: task-2-lk-app-0121 app_id: f165b7a6-5bc9-11eb-9fef-fa163ef9b34d name: "" resources: cpu: 0.1C memory: 0.1G gpu_type: "" gpu: "0" inputs: - name: input1 values: - ei_eihealth_x00356764_02:/yexihao/ output_dir: /asdsd - task_name: task-4-lk-app-0121 app_id: f165b7a6-5bc9-11eb-9fef-fa163ef9b34d name: "" resources: cpu: 0.1C memory: 0.1G gpu_type: "" gpu: "0" inputs: - name: input1 values: - ei_eihealth_x00356764_02:/yexihao/ - name: input2 values: [] output_dir: /sd - task_name: task-5-zx-2id-2od app_id: "5" name: "" resources: cpu: 0.1C memory: 0.1G gpu_type: "" gpu: "0" inputs: - name: indir-01 values: - ${task-1-lk-app-0121.output1} - name: indir-02 values: - ${task-4-lk-app-0121.output1} output_dir: /sadsd license: BSDhealth get workflow -s获取workflow yaml模板文件,以yaml格式打印到控制台workflow: # 处理规则同app id: xxxx # 可选 # 流程唯一标识,由系统随机分配 # 处理规则同app name: xxxx # 必选 # workflow名称 version: xxxx # 必选 # workflow版本,workflow名称+workflow版本在一个项目内保持唯一 summary: xxx # 可选 # 短描述 description: 'description' # 可选 # 完整描述文本 labels: # 可选 # 标签 - labelA - labelB timeout: 1440 # 可选 # 流程超时时间,取值范围[1,144000],单位分钟,默认1440 output_dir: # 可选 # workflow的当前工作目录,默认为根目录,用户可显示指定 tasks: # 必选 # 任务列表 - task_name: app1-1 # 任务名称 # 唯一标识处理规则如下: # 1. 特殊id,采用{app_name}::{app_version}::{src_project_name}格式,用于手动创建场景 # src_project_name在使用导入or订阅的资源是需要填写,为空表示本项目 # 2. 其他场景,app_id为系统分配的唯一标识 app_id: xxx # 必选 app唯一标识 name: # task展示名称 resources: cpu: 2C # 'CPU数量' memory: 4G # '内存大小' gpu_type: # 'GPU类型' gpu: # 'GPU数量' output_dir: # task输出子目录,默认为空时,自动生成task-name子目录,允许在workflow中配置 inputs: # 输入参数配置,默认覆盖workflow、app中同名配置 - name: 'input_name1' # 参数名 values: # 参数值,覆盖基础配置 - xxx - task_name: app2-1 # 任务名称 app_id: xxx # app唯一标识 name: # task展示名称 resources: cpu: 2C # 'CPU数量' memory: 4G # '内存大小' gpu_type: # 'GPU类型' gpu: # 'GPU数量' output_dir: # task输出子目录,默认为空时,自动生成task-name子目录,允许在workflow中配置 inputs: # 输入参数配置,默认覆盖workflow、app中同名配置 - name: 'input_name2' # 参数名 values: # 参数值,覆盖基础配置 - xxx license: xxx # workflow的许可证# 下载workflow详情到a文件夹health get workflow 3df8c00e-0291-11ed-973f-fa163e507c84 -d ./adownload workflow detail successfully!# 根据label标签搜索workflowhealth get workflow -l labelAid name version label source_eihealth_project_name user_name create_time update_time 501c20c9-aaf8-11ee-a057-fa163ef319da cli-demo-workflow 1.0.0 labelA,labelB test-project-new-permissions-700wwx-test-admin 2024-01-04 19:56:36 2024-01-04 19:56:364dd32f12-aaf7-11ee-a057-fa163ef319da cli-demo-workflow 2.0.0 labelA,labelB test-project-new-permissions-700wwx-test-admin 2024-01-04 19:49:23 2024-01-04 19:49:23
  • 命令结构 health get workflow ID [flags] 表1 参数说明 参数 简写 是否必选 说明 ID 无 否 不选此参数时,列出当前所在项目的所有流程信息。 指定workflow-id或workflow-name:version:srcproject,列出具体应用的信息,srcproject为源项目名称,可选。不指定srcproject时,默认为当前项目。 --sample -s 否 获取流程模板,模板为yaml格式。 --downloadPath -d 否 获取workflow详情时,将内容下载到的指定文件夹路径(文件夹需要存在)。 --project 无 否 指定项目名。未填写则使用配置文件中的项目名。 --label -l 否 根据label标签搜索workflow