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请求示例 创建分子对接作业,作业名称为demo-job, 受体文件为project:/dir/file,口袋中心位置的值为[0,0,0],口袋尺寸大小为[10,10,10],去除受体的水分子。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/docking { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "receptors" : [ { "receptor" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "bounding_box" : { "center" : [ 0, 0, 0 ], "size" : [ 10, 10, 10 ] }, "remove_water" : true, "remove_ion" : false, "remove_ligand" : false } ], "ligands" : [ { "ligand" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "count" : 100 } ] }
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请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限, 获取Token 接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 receptors 是 Array of DockingReceptorDto objects 受体文件列表。 数组长度:1 - 20 ligands 是 Array of LigandDto objects 配体文件列表,当前仅支持1个。 数组长度:1 - 1 engine 否 String 引擎,默认为AUTODOCK_VINA。 缺省值:AUTODOCK_VINA 最小长度:0 最大长度:15 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称,取值范围:[5,64],允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度:5 最大长度:64 labels 否 Array of strings 标签,取值范围[0,5],单个标签最大长度32字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 最小长度:1 最大长度:32 数组长度:0 - 5 表5 DockingReceptorDto 参数 是否必选 参数类型 描述 receptor 是 ReceptorDrugFile object 受体文件。 bounding_box 是 BoundingBoxDto object 结合口袋,包含口袋中心位置和尺寸大小。 remove_ion 否 Boolean 去除受体中的离子。 缺省值:true remove_water 否 Boolean 去除受体中的水分子。 缺省值:true remove_ligand 否 Boolean 去除受体中的配体分子。 缺省值:true add_hydrogen 否 Boolean 增加氢原子。 缺省值:false 表6 ReceptorDrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如R CS B在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data 否 String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 表7 BoundingBoxDto 参数 是否必选 参数类型 描述 center 是 Array of floats 口袋中心坐标; x, y, z轴的坐标。 最小值:-9999999 最大值:99999999 数组长度:3 - 3 size 是 Array of floats 口袋尺寸大小; x, y, z轴的大小。 最小值:2 最大值:500 数组长度:3 - 3 padding 否 Float 填充。 最小值:0 最大值:20 表8 LigandDto 参数 是否必选 参数类型 描述 ligand 是 DrugFile object 配体文件。 count 是 Integer 计算个数。 最小值:1 最大值:1000000 表9 DrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data 否 String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000
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URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/docking 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度:1 最大长度:128
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