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基于二代测序的基因组突变检测

医疗智能体 EIHealth-制作并上传镜像:制作bwa-mem镜像

制作bwa-mem镜像在本地搭建Docker环境。要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。下载bwa和samtools软件。 wget http://downloads.sourceforge.net/project/bio-bwa/bwa-0.7.17.tar.bz2wget https://github.com/samtools/samtools/releases/download/1.10/samtools-1.10.tar.bz2 编写Dockerfile将bwa和samtool镜像合并。详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考。执行vi Dockerfile命令，进入Dockerfile文件中，编写文件。 FROM centosENV PATH $PATH:/usr/local/samtools/bin:/usr/local/bwa-0.7.17ADD ./bwa-0.7.17.tar.bz2 /usr/localADD ./samtools-1.10.tar.bz2 /optRUN yum makecache && \ yum install -y make gcc ncurses-devel bzip2-devel xz-devel zlib-devel&& \ cd /usr/local/bwa-0.7.17 && make && \ cd /opt/samtools-1.10 && ./configure --prefix=/usr/local/samtools && make && make install 按Esc键，并执行:wq保存并退出Dockerfile。制作镜像。 docker build -t bwa_samtools:0.7.17-1.10 .

医疗智能体 EIHealth 基于二代测序的基因组突变检测
医疗智能体 EIHealth-制作并上传镜像:制作gatk-haplotypecaller镜像

制作gatk-haplotypecaller镜像在本地搭建Docker环境。要求安装的容器引擎版本必须为1.11.2及以上。编写Dockerfile制作gatk-haplotypecaller镜像。执行vi Dockerfile命令，进入Dockerfile文件中，编写文件。 FROM broadinstitute/gatk:4.1.9.0RUN apt-get updateRUN apt-get install -y parallel 按Esc键，并执行:wq退出Dockerfile。制作镜像。 docker build -t gatk-haplotypecaller:4.1.9.0 . 详细的Dockerfile指令请参见Dockerfile参考。

医疗智能体 EIHealth 基于二代测序的基因组突变检测