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医疗智能体 EIHealth-使用AutoGenome镜像:步骤3：预览AutoGenome案例

步骤3：预览AutoGenome案例打开创建的Notebook。在Notebook的根目录下的“AutoGenome-Examples”文件夹中，包含使用AutoGenome进行分析的示例，可供参考。图1 AutoGenome-Examples 表2 AutoGenome示例示例名称说明 single_cell_rfcn_densenet.ipynb 基于RFCN-DenseNet和表达谱对单细胞发育时期进行分类。 pbmc_res_vae.ipynb 基于Res-VAE和表达谱对单细胞数据降维。

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医疗智能体 EIHealth-使用AutoGenome镜像:步骤4：使用AutoGenome

步骤4：使用AutoGenome Notebook包含了端到端使用AutoGenome的代码，您可以使用Notebook案例复现AutoGenome示例的结果。以“pbmc_res_vae.ipynb”为例，用户可以打开相应的代码集，直接运行该Notebook，也可以调整代码集中的代码，进行二次开发。图2 基于Res-VAE和表达谱对单细胞数据降维使用该Notebook时需要运行相应的代码模块，运行步骤如下所示。环境配置：加载AutoGenome以及辅助绘图的软件包。读取配置文件：通过json文件配置输入和输出路径。模型训练：针对提供的数据和模型参数，AutoGenome会搜索得到最优的神经网络结构。训练过程经过模型搜索阶段和模型训练阶段，在模型搜索阶段，根据json文件中的配置参数，对于选定的模型参数会训练一定步数，搜索得到较好结果的参数进行后续训练。训练过程中可选择在验证数据集上进行评估，评估结果更好的模型参数将会保留。提取降维之后数据：完成模型训练后，生成降维后的结果数据。当您在运行AutoGenome示例出现“Warning：restart the kernel and run the notebook again！”时，请单击Notebook工具栏中的按钮，重启Notebook环境，并重新执行出现告警的代码。您可以在Notebook工作目录中上传数据，使用AutoGenome工具。数据上传下载请参见数据的上传和下载。对于非挂载目录以外的目录下的文件，重启Notebook后会消失。例如，上传文件至Notebook的根目录下，该文件并不在被挂载的obs路径中，重启Notebook，该文件会消失。图3 Upload上传数据

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