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操作步骤 登录COC。 在左侧菜单栏选择“资源运维”,单击“自动化运维”,在“日常运维”模块选择“作业管理”,进入“作业管理”页面。 图1 进入作业管理页面 选择“公共作业”页签,单击“所有作业”,选择需要执行的公共作业,单击“执行”。 图2 选择并执行公共作业 填写执行基本信息,包含执行描述和标签。可按照标签管理中的步骤创建标签。 图3 填写执行基本信息 选择公共作业执行的“目标实例模式”,分为“所有步骤一致”和“每个步骤独立”两种。 表1 目标实例模式说明 目标 说明 所有步骤一致 所有步骤在所有目标实例执行 每个步骤独立 自定义配置,可选择指定步骤仅在指定目标实例执行 图4 选择所有步骤一致 图5 选择每个步骤独立 单击“+添加实例”,选择待执行实例的区域,根据实例名称、UniAgent状态等条件筛选并选中目标实例,单击“提交”。 图6 选择目标实例 选择“分批策略”: 自动分批:用户选择的待执行机器,会根据默认规则,分成多批。 手动分批:用户可以根据自身需要,将待执行的机器,分成若干批,控制机器所在的批次。 不分批:用户所有待执行的机器会全部在同一批次。 图7 选择分批策略 单击“提交”,执行公共作业,将跳转到作业工单详情页面。在工单详情页面查看作业和各批次的执行情况。 单击“强制结束”,将结束本次作业的所有执行任务。 单击“结束所有批次”,将结束当前步骤所有批次的执行任务。 图8 作业工单详情
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响应参数 状态码: 200 表3 响应Body参数 参数名称 参数类型 说明 is_success Boolean 执行请求是否成功。“true”表示请求执行成功。 message String 系统提示信息,执行成功时,信息可能为空。 状态码: 400 表4 响应Body参数 参数 参数类型 描述 error_code String 错误码。 error_msg String 错误描述信息。 状态码: 500 表5 响应Body参数 参数 参数类型 描述 error_code String 错误码。 error_msg String 错误描述信息。
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问题现象 Flink作业提交时,jobmanager启动成功,但taskmanager一直是启动中直到超时,报错如下: org.apache.flink.runtime.jobmanager.scheduler.NoResourceAvailableException: Could not allocate the required slot within slot request timeout. Please make sure that the cluster has enough resources
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操作步骤 在左侧导航栏中,选择“任务”,进入仿真任务管理页面。 在左侧仿真任务树中,选择待操作的仿真作业的所属的仿真任务。 在右侧的仿真作业列表中,可单个删除或批量删除仿真作业。 状态为“处理中”的仿真作业不能删除,删除时会删除失败。 单个删除 在仿真作业列表中,选择需要删除的仿真作业,单击“操作”列的“删除”。 在弹出的提示框中,单击“确定”。 批量删除 在仿真作业列表中,勾选需要删除的仿真作业,单击列表上方的“删除”。 在弹出的提示框中,单击“确定”。
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分析作业管理简介 分析作业依托于流程运行,需要您先创建流程,再基于流程创建分析作业。 在“项目管理”页面“作业”页签中,以列表形式展示了项目中运行的分析作业和运行状态。您可以查看分析作业名称、标签、所使用的流程名称、版本、运行状态、创建者、创建时间、完成时间和总耗时。并可对作业执行重试、取消、删除、克隆、导出操作。对于列表中的作业,支持通过作业名称、流程名称、标签、创建者、状态、创建时间和完成时间进行快速搜索。 如果需要批量创建分析作业,您可以创建自动作业。 当作业执行超时,作业状态显示失败,task状态为运行中。后续task运行成功或失败,作业状态都显示失败。可参考作业投递后处于运行中,运行过程正常,但是最后超时失败进行处理。 如果性能加速节点不可用或作业配额不足,重试作业时,超过配额的作业会重试失败。 图1 分析作业 图2 作业搜索 父主题: 作业管理
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Spark作业的Client模式和Cluster模式有什么区别? 理解YARN-Client和YARN-Cluster深层次的区别之前先清楚一个概念:Application Master。 在YARN中,每个Application实例都有一个ApplicationMaster进程,它是Application启动的第一个容器。它负责和ResourceManager打交道并请求资源,获取资源之后告诉NodeManager为其启动Container。从深层次的含义讲YARN-Cluster和YARN-Client模式的区别其实就是ApplicationMaster进程的区别。 YARN-Cluster模式下,Driver运行在AM(Application Master)中,它负责向YARN申请资源,并监督作业的运行状况。当用户提交了作业之后,就可以关掉Client,作业会继续在YARN上运行,因而YARN-Cluster模式不适合运行交互类型的作业。 YARN-Client模式下,Application Master仅仅向YARN请求Executor,Client会和请求的Container通信来调度工作,也就是说Client不能离开。 父主题: 作业管理类
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响应示例 状态码: 201 CREATED 创建分子属性预测作业成功。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" } 创建分子属性预测作业成功,当前运行作业数已达配额限制,此作业会等待。 { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "limit_concurrency" : 50 }
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请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限, 获取Token 接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 molecule_file 是 MoleculeFileDto object 分子文件。 base_model_id 否 String 基模型id。 缺省值:pangu-drug-model 最小长度:0 最大长度:128 model_ids 否 Array of strings 模型id列表。 最小长度:1 最大长度:128 数组长度:0 - 10 save_fingerprint 否 Boolean 是否输出表征,仅专业版平台支持。 缺省值:false 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称,取值范围:[5,64],允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度:5 最大长度:64 labels 否 Array of strings 标签,取值范围[0,5],单个标签最大长度32字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 最小长度:1 最大长度:32 数组长度:0 - 5 表5 MoleculeFileDto 参数 是否必选 参数类型 描述 file 是 MoleculeFile object 分子文件。 count 是 Integer 分子个数。 最小值:1 最大值:1000000 表6 MoleculeFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 文件来源,支持用户私有数据中心、公共数据和源数据。 最小长度:1 最大长度:8 url 否 String 文件URL,用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data 否 String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000
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请求示例 创建分子属性预测作业,作业名称为demo-job,分子文件为project:/dir/file,属性模型为id为baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/fep { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "molecule_file" : { "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "count" : 1000 }, "model_ids" : [ "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1" ], "base_model_id" : "pangu-drug-model", "save_fingerprint" : true }
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URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/admet 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度:1 最大长度:128
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请求示例 创建分子对接作业,作业名称为demo-job, 受体文件为project:/dir/file,口袋中心位置的值为[0,0,0],口袋尺寸大小为[10,10,10],去除受体的水分子。 https://{endpoint}/v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/docking { "basic_info" : { "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA" ] }, "receptors" : [ { "receptor" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "bounding_box" : { "center" : [ 0, 0, 0 ], "size" : [ 10, 10, 10 ] }, "remove_water" : true, "remove_ion" : false, "remove_ligand" : false } ], "ligands" : [ { "ligand" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" }, "count" : 100 } ] }
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请求参数 表2 请求Header参数 参数 是否必选 参数类型 描述 X-Auth-Token 是 String 用户Token。Token认证就是在调用API的时候将Token加到请求消息头,从而通过身份认证,获得操作API的权限,获取Token接口响应消息头中X-Subject-Token的值即为Token。 最小长度:1 最大长度:32768 表3 请求Body参数 参数 是否必选 参数类型 描述 basic_info 是 CreateDrugJobBasicInfo object 创建药物作业基本信息。 receptors 是 Array of DockingReceptorDto objects 受体文件列表。 数组长度:1 - 20 ligands 是 Array of LigandDto objects 配体文件列表,当前仅支持1个。 数组长度:1 - 1 engine 否 String 引擎,默认为AUTODOCK_VINA。 缺省值:AUTODOCK_VINA 最小长度:0 最大长度:15 表4 CreateDrugJobBasicInfo 参数 是否必选 参数类型 描述 name 是 String 作业的名称,取值范围:[5,64],允许大小写字母、数字、空格、下划线(_)和中划线(-),只能以数字或字母开头。 最小长度:5 最大长度:64 labels 否 Array of strings 标签,取值范围[0,5],单个标签最大长度32字符,支持中文、字母、数字、空格、下划线和中划线,且不能以空格开头或者结尾。 最小长度:1 最大长度:32 数组长度:0 - 5 表5 DockingReceptorDto 参数 是否必选 参数类型 描述 receptor 是 ReceptorDrugFile object 受体文件。 bounding_box 是 BoundingBoxDto object 结合口袋,包含口袋中心位置和尺寸大小。 remove_ion 否 Boolean 去除受体中的离子。 缺省值:true remove_water 否 Boolean 去除受体中的水分子。 缺省值:true remove_ligand 否 Boolean 去除受体中的配体分子。 缺省值:true add_hydrogen 否 Boolean 增加氢原子。 缺省值:false 表6 ReceptorDrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如R CS B在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,仅支持PDB,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data 否 String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000 表7 BoundingBoxDto 参数 是否必选 参数类型 描述 center 是 Array of floats 口袋中心坐标; x, y, z轴的坐标。 最小值:-9999999 最大值:99999999 数组长度:3 - 3 size 是 Array of floats 口袋尺寸大小; x, y, z轴的大小。 最小值:2 最大值:500 数组长度:3 - 3 padding 否 Float 填充。 最小值:0 最大值:20 表8 LigandDto 参数 是否必选 参数类型 描述 ligand 是 DrugFile object 配体文件。 count 是 Integer 计算个数。 最小值:1 最大值:1000000 表9 DrugFile 参数 是否必选 参数类型 描述 source 是 String 受体的数据源:外部网络数据(如RCSB在线数据库)、用户私有数据中心、承载租户公共数据(含样例/公共库)。 枚举值: EXTRANET PRIVATE PUBLIC RAW url 否 String 文件URL,当数据源为外部网络数据时为https地址;用户私有数据中心为项目路径、公共数据场景为obs地址。 最小长度:1 最大长度:2000 format 否 String 文件格式,支持PDB、SDF、MOL2、SMI,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:1 最大长度:6 data 否 String 文件原始数据,仅数据源为RAW时提供。 最小长度:0 最大长度:10000000
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URI POST /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/docking 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度:1 最大长度:128
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URI GET /v1/{project_id}/eihealth-projects/{eihealth_project_id}/drug-jobs/pocket-mol-design/{job_id} 表1 路径参数 参数 是否必选 参数类型 描述 project_id 是 String 项目ID,您可以从获取项目ID中获取。 最小长度:1 最大长度:128 eihealth_project_id 是 String 平台项目ID。 最小长度:1 最大长度:128 job_id 是 String 作业id。 最小长度:1 最大长度:128
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响应示例 状态码: 200 OK { "basic_info" : { "id" : "baabcb56-5bb6-11eb-8a0d-fa163e3ddba1", "name" : "demo-job", "labels" : [ "labelA", "labelB" ], "status" : "FINISHED", "type" : "POCKE_MOL_DESIGN", "start_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "create_time" : "2021-01-30T02:34:36Z", "finish_time" : "2021-01-30T02:53:26Z", "failed_message" : "null", "user_name" : "demo-user-name", "output_dir" : "job-analysis/job-name", "expect_charge_num" : 1, "real_charge_num" : 1 }, "receptor" : { "file" : { "source" : "PRIVATE", "url" : "project:/dir/file" } }, "ligands" : [ { "source" : "PRIVATE" }, { "url" : "project:/dir/file" } ], "cluster_result" : { "method" : "hiq_mc", "output_dir" : "project://bucket/path/to/task/dir/", "status" : "finished", "failed_reasons" : [ { "reason" : "failed reason" }, { "count" : 1 } ] } }
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